<div dir="ltr">On Tue, Jun 24, 2014 at 1:11 AM, Egor Tchesnokov <span dir="ltr">&lt;<a href="mailto:etchesnokov@chemistry.otago.ac.nz" target="_blank">etchesnokov@chemistry.otago.ac.nz</a>&gt;</span> wrote:<br><div class="gmail_extra">

<div class="gmail_quote"><blockquote class="gmail_quote" style="margin:0 0 0 .8ex;border-left:1px #ccc solid;padding-left:1ex">




<div>
<div style="direction:ltr;font-family:Tahoma;color:#000000;font-size:10pt">Thank you for the comment. 
<div>The model I use for Phaser is coming from Sculptor, so it does not have heteroatoms.<br>
<div>I introduce heteroatom (Fe) only after Phaser. I use Phaser-EP to find it, eventhough it is obvious from the density. Then I merge Fe and Phaser.pdb in Coot after which I feed it to ReadySet. So the pdb that I give to Refine either have Fe with occupancy
 of 1, &lt;1 or &gt;1 (I tried both). I use PDB editor to add charge, but the outcome is still the same. After refinement Fe occupancy is either 1 or very close.</div></div></div></div></blockquote><div><br></div><div>My apologies, I misinterpreted your message.  Is this just a case of &quot;name that blob?&quot;  If so, I suggest posting images of the density around the iron to the list (and probably ccp4bb as well) asking for suggestions.  It&#39;s very likely that someone will have encountered similar density before.</div>

<div><br></div><div>-Nat</div></div></div></div>