<div dir="ltr">On Fri, Jun 27, 2014 at 10:45 AM, Nigel Moriarty <span dir="ltr">&lt;<a href="mailto:nwmoriarty@lbl.gov" target="_blank">nwmoriarty@lbl.gov</a>&gt;</span> wrote:<br><div class="gmail_extra"><div class="gmail_quote">

<blockquote class="gmail_quote" style="margin:0 0 0 .8ex;border-left:1px #ccc solid;padding-left:1ex"><div dir="ltr"><div>Here is the atom selection page</div><div><br></div><div><a href="http://www.phenix-online.org/documentation/reference/atom_selections.html" target="_blank">http://www.phenix-online.org/documentation/reference/atom_selections.html</a><br>



<div><br></div><div>and here is an example.</div><div><pre style="margin-left:2em;margin-right:2em;color:rgb(0,0,0)">within(5, (nucleotide or peptide) backbone)</pre></div></div></div></blockquote><div><br></div><div>That won&#39;t work in phenix.superpose_pdbs (or the atom selection tool in the GUI) because the &quot;within&quot; syntax depends on the full geometry restraints setup (which is slower and therefore not used in these contexts).   This has been annoying me for a while, so I will look into changing it.</div>

<div><br></div><div>-Nat</div></div></div></div>