<div dir="ltr">Dear Phenix Users,<div><br></div><div>I am doing the molecular replacement to solve a membrane protein structure(transmembrane and soluble domain). The structure of the soluble domain is known, 200AAs. And there is a homology structure of transmembrane domain, 350AAs. I used the polyalanine model of the homologous model of transmembrane domain to do the first search.  I got a solution with TFZ 16. Then used the partial solution to do the second search with the soluble domain as the model.I also got a solution with TFZ about 15. The density map showed I got the right solution. And the simple rigid body refinement yielded a Rfactor/Rfree 0.29/0.32. Then I used the polyalanine model and the soluble domain as the starting model to do the phenix autobuild. But it seemed that Autobuild didn&#39;t replace the alanine with the real sequence AAs. I tried to set the rebuild in place to false but I still got the same result. The Autobuild even didn&#39;t change any amino aside reside from the starting model. I hope you could figure out the problem for me. Thank you in advance!</div>
<div><br></div><div>Best regards,</div><div>Jie</div></div>