<!DOCTYPE HTML PUBLIC "-//W3C//DTD HTML 4.0 Transitional//EN">
<HTML>
<HEAD><META http-equiv=Content-Type content="text/html; charset=utf-8"><META content="INBOX.COM" name=GENERATOR></HEAD>
<BODY>

<div>Hi Pavel,</div><div><br></div><div>Thank you very much, this sounds very interesting.</div><div><br></div><div>I have used ccp4, coot and phenix but I am no expert but I am definitely interested in trying this method if you could give more information.</div><div><br></div><div>Thank you,</div><div>Patrick.&nbsp;</div><br><br><blockquote style="PADDING-LEFT: 5px; MARGIN-LEFT: 5px; BORDER-LEFT: #0000ff 2px solid; MARGIN-RIGHT: 0px"><div class="msgHeaders">-----Original Message-----<br><b>From:</b> pafonine@lbl.gov<br><b>Sent:</b> Fri, 04 Jul 2014 20:34:33 -0700<br><b>To:</b> patrick.cossins@inbox.com, phenixbb@phenix-online.org<br><b>Subject:</b> Re: [phenixbb] alternatives to RMSD<br><br></div><div class="oldBody"><div>
    Hi Patrick,<br>
    <br>
    RMSD is a poor measure in this case as it does not account for
    B-factors, occupancies, alternative conformations and so on
    information a crystal structure model may make available.
    Macromolecules are not a bunch of points in space.<br>
    <br>
    While I'm sure more thorough methods exist, I would vote for the
    simplest, most direct and obvious one. You can calculate electron
    density map using a Gaussian approximation from model A and B (yes,
    electron density map - not a Fourier image of it!). That will
    naturally account for all: B-factors, occupancies, other disorder.
    Then you can calculate a map similarity measure, such as map
    correlation, for instance. After all, why use a cannon to kill a
    fly?!<br>
    <br>
    If you are interested to follow this route I can explain the
    details.<br>
    <br>
    All the best,<br>
    Pavel<br>
    <br>
    <blockquote cite="mid:3DC97382C23.000010FBpatrick.cossins@inbox.com" type="cite">
      <meta http-equiv="Content-Type" content="text/html;
        charset=ISO-8859-1">
      <meta content="INBOX.COM" name="GENERATOR">
      Hi Phenix users,
      <div><br>
      </div>
      <div>I am not a crystallographer but I though you guys might be a
        good place to ask this question.</div>
      <div><br>
      </div>
      <div>I have 2 super secondary structures, A and B and they consist
        of Helix-turn-Strand</div>
      <div><br>
      </div>
      <div>Due to the turn the two structures have a poor RMSD because
        the two flanking fragments of Helix and Strand are far from each
        other but when I superimpose the two fragments
        individually(helixA with helix B and standA with strandB in
        Pymol they align very well).</div>
      <div><br>
      </div>
      <div>Now, is there a way to express this instead of using the
        RMSD?</div>
      <div>When the two structures align well the RMSD is very good but
        a slight movement and the RMSD is awful.</div>
      <div>But looking at the two structures I can see they follow the
        same path through space.</div>
      <div><br>
      </div>
      <div>Thank you,</div>
      <div>Patrick<br>
      </div>
    </blockquote>
    <br>
  </div></div></blockquote>
<hr size="1px" noshade style="clear:both;margin-top:10px;height:1px;">
<div style="font:12px Verdana,sans-serif;color:Black;background:white;padding:3px;line-height:1.3em">
<a href="http://backup.pcrx.com/mail"><img src="http://my.inbox.com/img/ftrs/pcrxbackup.jpg" width="424" height="73" alt="Protect your computer files with professional cloud backup. Get PCRx Backup and upload unlimited files automatically." border="0" style="margin-bottom:10px" /></a></div>
</BODY>
</HTML>