<html>
  <head>
    <meta content="text/html; charset=ISO-8859-1"
      http-equiv="Content-Type">
  </head>
  <body bgcolor="#FFFFFF" text="#000000">
    Hi Jouko,<br>
    <br>
    a few points to be aware of:<br>
    <br>
    1) ML targets used in phenix.refine and Phaser are essentially the
    same but parametrized differently (alpha/beta vs sigmaA). You can
    see this if you check corresponding publications.<br>
    <br>
    2) Parameters of ML targets used in phenix.refine (alpha/beta) and
    Phaser (sigmaA) are estimated differently mainly because these
    program work at very different range of model-data discrepancy. <br>
    <br>
    At MR stage (Phaser) model errors are usually gross and deriving
    alpha/beta or sigmaA from comparison of Fcalc and Fobs may not be
    reliable; this is why Phaser asks the user to provide an approximate
    information about how large the model errors are (as rmsd or
    sequence identity). This information is then used to estimate
    sigmaA, and in turn calculate ML target.<br>
    <br>
    At refinement stage (phenix.refine) model-data discrepancy is
    smaller, and sigmaA or alpha/beta can be reliably estimated from
    comparison of Fcalc and Fobs. This is what phenix.refine does, and
    this is the target that you get from fmodel object that Nat
    mentioned earlier.<br>
    <br>
    Pavel<br>
    <br>
    <br>
    <div class="moz-cite-prefix">On 7/11/14, 2:48 PM, Jouko Virtanen
      wrote:<br>
    </div>
    <blockquote
cite="mid:CAPaUbfX0+iK-kn2Nt3jDQt8qA5EppABQt5fu_0mM=2he9=9Wjw@mail.gmail.com"
      type="cite">
      <div dir="ltr"><span
          style="font-family:arial,sans-serif;font-size:13px">Hi all,</span>
        <div style="font-family:arial,sans-serif;font-size:13px"><br>
        </div>
        <div style="font-family:arial,sans-serif;font-size:13px">I would
          like to calculate the maximum-likelihood score given an input
          structure and an mtz file. &nbsp;How can I do that? &nbsp;Thanks in
          advance.</div>
        <div style="font-family:arial,sans-serif;font-size:13px"><br>
        </div>
        <div style="font-family:arial,sans-serif;font-size:13px">Best
          regards,</div>
        <div style="font-family:arial,sans-serif;font-size:13px"><br>
        </div>
        <div style="font-family:arial,sans-serif;font-size:13px">
          Jouko</div>
      </div>
      <br>
      <fieldset class="mimeAttachmentHeader"></fieldset>
      <br>
      <pre wrap="">_______________________________________________
phenixbb mailing list
<a class="moz-txt-link-abbreviated" href="mailto:phenixbb@phenix-online.org">phenixbb@phenix-online.org</a>
<a class="moz-txt-link-freetext" href="http://phenix-online.org/mailman/listinfo/phenixbb">http://phenix-online.org/mailman/listinfo/phenixbb</a>
</pre>
    </blockquote>
    <br>
  </body>
</html>