<html>
  <head>
    <meta content="text/html; charset=UTF-8" http-equiv="Content-Type">
  </head>
  <body bgcolor="#FFFFFF" text="#000000">
    ML used in phenix.refine does not contain a constant term (to save
    computation time; perhaps there is no huge gain!) and is normalized
    by the number of reflections so the value is between 0 and ~10 most
    of the time (that makes it predictable and so it can be calibrated
    to use for various purposes).<br>
    <br>
    Pavel<br>
    ¬†<br>
    <div class="moz-cite-prefix">On 7/11/14, 5:07 PM, Nathaniel Echols
      wrote:<br>
    </div>
    <blockquote
cite="mid:CALeAa1NiFr-CabU1d_H3UipZNjy+Fo5cBw6MUtDaGLG1v4gYcA@mail.gmail.com"
      type="cite">
      <div dir="ltr">On Fri, Jul 11, 2014 at 4:57 PM, Pavel Afonine <span
          dir="ltr">&lt;<a moz-do-not-send="true"
            href="mailto:pafonine@lbl.gov" target="_blank">pafonine@lbl.gov</a>&gt;</span>
        wrote:<br>
        <div class="gmail_extra">
          <div class="gmail_quote">
            <blockquote class="gmail_quote" style="margin:0px 0px 0px
0.8ex;border-left-width:1px;border-left-color:rgb(204,204,204);border-left-style:solid;padding-left:1ex">
              <div bgcolor="#FFFFFF" text="#000000">1) ML targets used
                in phenix.refine and Phaser are essentially the same but
                parametrized differently (alpha/beta vs sigmaA).<br>
              </div>
            </blockquote>
            <div><br>
            </div>
            <div>... but they are not reported the same way -
              phenix.refine shows a raw target value (normalized?),
              while Phaser outputs TFZ and LLG. ¬†Presumably these are
              related somehow but it is not obvious to me.</div>
            <div><br>
            </div>
            <div>-Nat</div>
          </div>
        </div>
      </div>
    </blockquote>
    <br>
  </body>
</html>