<div dir="ltr"><div><div>Dear all, <br><br></div>I am making the restraints file (CIF) for a ligand with two chiral carbons, using eLBOW (AM1 QM, output: retain original chirality) from a SMILES description and obtain the following: <br>
<br></div><div>Atom   input_chirality   input_smiles   output_vol_sign   output_R/S   output_chirality_pdb<br></div><div>C20    S                       C@H               negative               S                  S<br></div>
<div>C37    R                       C@@H            positive                S                  S<br><br></div><div>Although the volume_sign in the output cif file correspond to the input chiralities, the output pdb has the wrong chirality for the carbon C37: S instead of the desired R.<br>
<br></div><div>I think the &quot;retain original chirality&quot; option is what I need to keep the input chirality, but apparently it doesn&#39;t. How should I proceed to get a pdb with the correct chiralities?<br><br></div>
<div>Best regards, <br></div><div>Lionel<br><br></div><div>PS: phenix version 1.9-1692, linux X86_64<br><br></div><div>PS2: in REEL, the action &quot;Find unique code&quot; make phenix (not REEL) crash (all windows close) without error message<br>
</div></div>