<div dir="ltr">On Mon, Jul 28, 2014 at 9:19 AM, George Devaniranjan <span dir="ltr">&lt;<a href="mailto:devaniranjan@gmail.com" target="_blank">devaniranjan@gmail.com</a>&gt;</span> wrote:<br><div class="gmail_extra"><div class="gmail_quote">

<blockquote class="gmail_quote" style="margin:0px 0px 0px 0.8ex;border-left-width:1px;border-left-color:rgb(204,204,204);border-left-style:solid;padding-left:1ex"><div dir="ltr"><div>I know this is going to sound blasphemous in phenix (my apology particularly to Pavel) but is there other s/w that does similar things to <span style="color:rgb(26,26,26);font-family:Arial;font-size:9pt">phenix.real_space_refine</span><span style="color:rgb(26,26,26);font-family:Arial;font-size:9pt"> ?</span></div>



<div><span style="color:rgb(26,26,26);font-family:Arial;font-size:9pt"><br></span></div><div><font color="#1a1a1a" face="Arial"><span style="font-size:9pt">I used that already (works very well) but was wondering if there was anything similar out there to do a </span><span style="font-size:12px">comparison</span><span style="font-size:9pt">.</span></font></div>

</div></blockquote><div><br></div><div>Not exactly the same, but several (non-graphical) methods for refinement/rebuilding into low-resolution maps:</div><div><br></div><div>Dimaio, F., Tyka, M. D., Baker, M. L., Chiu, W., &amp; Baker, D. (2009). J. Mol. Biol. 392, 181–190.<br>

</div><div><br></div><div>Haddadian, E. J., Gong, H., Jha, A. K., Yang, X., Debartolo, J., Hinshaw, J. R., Rice, P. A., Sosnick, T. R., &amp; Freed, K. F. (2011). Biophysical Journal. 101, 899–909.<br></div><div><br></div>

<div>Leonardo G. Trabuco, Elizabeth Villa, Kakoli Mitra, Joachim Frank, and Klaus Schulten. Flexible fitting of atomic structures into electron microscopy maps using molecular dynamics. Structure, 16:673-683, 2008.<br></div>

<div><br></div><div>-Nat</div></div></div></div>