<html dir="ltr">
<head>
<meta http-equiv="Content-Type" content="text/html; charset=iso-8859-1">
<style type="text/css" id="owaParaStyle"></style>
</head>
<body fpstyle="1" ocsi="0">
<div style="direction: ltr;font-family: Tahoma;color: #000000;font-size: 10pt;">Dear Eric
<div><br>
</div>
<div>I had a similar case. Apart from giving them the same residue number and &quot;A&quot; and &quot;B&quot; altloc identifiers, you should&nbsp;<span style="font-size: 10pt;">make sure the summation of their occupancies equals 1. Therefore you can use the &quot;occupancy refinement selections&quot;
 (in the GUI, go to &quot;all parameters&quot;, then &quot;atoms selections&quot;) and select your two ligands as &quot;constrained groups&quot;.</span></div>
<div><span style="font-size: 10pt;"><br>
</span></div>
<div>Kind regards</div>
<div>Elke</div>
<div>
<div><br>
<div style="font-family:Tahoma; font-size:13px">
<div style="font-family:Tahoma; font-size:13px">
<div style="font-family:Tahoma; font-size:13px">
<p style="margin-right:0px; margin-left:0px; padding:0px; border:0px; font-family:Arial,Helvetica,sans-serif; font-size:12px; background-color:rgb(255,255,255)">
Elke De Zitter</p>
<p style="margin-right:0px; margin-left:0px; padding:0px; border:0px; font-family:Arial,Helvetica,sans-serif; font-size:12px; background-color:rgb(255,255,255)">
PhD student, KU Leuven</p>
<p style="margin-right:0px; margin-left:0px; padding:0px; border:0px; font-family:Arial,Helvetica,sans-serif; font-size:12px; background-color:rgb(255,255,255)">
Biochemistry, Molecular and Structural Biology</p>
<p style="margin-right:0px; margin-left:0px; padding:0px; border:0px; font-family:Arial,Helvetica,sans-serif; font-size:12px; background-color:rgb(255,255,255)">
Celestijnenlaan 200f -&nbsp;bus&nbsp;2404, 3001 Leuven</p>
<p style="margin-right:0px; margin-left:0px; padding:0px; border:0px; font-family:Arial,Helvetica,sans-serif; font-size:12px; background-color:rgb(255,255,255)">
Room 00.84, &#43;32 16 3 26530</p>
</div>
</div>
</div>
</div>
<div style="font-family: Times New Roman; color: #000000; font-size: 16px">
<hr tabindex="-1">
<div id="divRpF465906" style="direction: ltr;"><font face="Tahoma" size="2" color="#000000"><b>Van:</b> phenixbb-bounces@phenix-online.org [phenixbb-bounces@phenix-online.org] namens Nathaniel Echols [nechols@lbl.gov]<br>
<b>Verzonden:</b> woensdag 30 juli 2014 22:00<br>
<b>Aan:</b> Eric Girard<br>
<b>CC:</b> PHENIX user mailing list<br>
<b>Onderwerp:</b> Re: [phenixbb] Two ions at same position<br>
</font><br>
</div>
<div></div>
<div>
<div dir="ltr">They need to have the altloc identifiers set differently: one ion gets &quot;A&quot;, the other gets &quot;B&quot;, which will prevent them from clashing in refinement. &nbsp;It is probably a good idea to give them the same residue number if you haven't already - I'm
 hoping this will result in the occupancy constraint being handled automatically.
<div><br>
</div>
<div>-Nat</div>
</div>
<div class="gmail_extra"><br>
<br>
<div class="gmail_quote">On Wed, Jul 30, 2014 at 3:53 PM, Eric Girard <span dir="ltr">
&lt;<a href="mailto:eric.girard@ibs.fr" target="_blank">eric.girard@ibs.fr</a>&gt;</span> wrote:<br>
<blockquote class="gmail_quote" style="margin:0 0 0 .8ex; border-left:1px #ccc solid; padding-left:1ex">
Dear phenixbb members,<br>
<br>
I am refining a structure that contains Ca2&#43; atoms. The structure was determined in presence of lanthanide ions. Thus, the resulting density clearly indicates that a part of each Ca2&#43; sites is substituted with Eu3&#43; (let's say 75% Ca2&#43; and 25% Eu3&#43; per sites).<br>
How can I deal with such situation? Indeed phenix.refine complains when I try to put a Ca2&#43; ion and a Eu3&#43; one with the same coordinates (and with the occupancies mentionned above) and stop.<br>
<br>
Thanks for your help.<br>
<br>
Eric.<br>
<br>
-- <br>
******************************<u></u>******************************<u></u>****<br>
Eric Girard<br>
<br>
Extremophiles and Large Macromolecular Assemblies (ELMA) group<br>
<br>
Institut de Biologie Structurale<br>
UMR 5075 CEA-CNRS-UJF-PSB<br>
71 avenue des Martyrs<br>
CS 10090<br>
38044 Grenoble Cedex 9<br>
<br>
Phone: &nbsp;<a href="tel:%2B33%20%280%294%2057%2042%2086%2045" value="&#43;33457428645" target="_blank">&#43;33 (0)4 57 42 86 45</a><br>
Fax: <a href="tel:%2B33%20%280%294%2076%2050%2018%2090" value="&#43;33476501890" target="_blank">
&#43;33 (0)4 76 50 18 90</a><br>
Web site: <a href="http://www.ibs.fr/" target="_blank">http://www.ibs.fr/</a><br>
<br>
******************************<u></u>******************************<u></u>*****<br>
<br>
______________________________<u></u>_________________<br>
phenixbb mailing list<br>
<a href="mailto:phenixbb@phenix-online.org" target="_blank">phenixbb@phenix-online.org</a><br>
<a href="http://phenix-online.org/mailman/listinfo/phenixbb" target="_blank">http://phenix-online.org/<u></u>mailman/listinfo/phenixbb</a><br>
</blockquote>
</div>
<br>
</div>
</div>
</div>
</div>
</div>
</body>
</html>