<div dir="ltr">Florian<div><br></div><div>You need to actually calculate the partial charges. Currently that can only be done by using the --opt flag to run the RM1/AM1 semi-empirical QM method. Add this flag to your eLBOW job and the partial charges will be included in the output files.</div>

<div><br></div><div>Cheers</div><div><br></div><div>Nigel<br><div><br></div><div><br></div></div></div><div class="gmail_extra"><br><br><div class="gmail_quote">On Tue, Aug 5, 2014 at 8:05 AM, Florian Nachon <span dir="ltr">&lt;<a href="mailto:mailinglist@nachon.net" target="_blank">mailinglist@nachon.net</a>&gt;</span> wrote:<br>

<blockquote class="gmail_quote" style="margin:0 0 0 .8ex;border-left:1px #ccc solid;padding-left:1ex">Dear phenixbbers,<br>
<br>
The partial charges are not written in mol2 output files generated by elbow. Is there any way to change that behavior?<br>
Probably by editing tripos_mol2_writer.py?<br>
<br>
Thanks for helping.<br>
<br>
Florian<br>
<br>
--<br>
La chance ne sourit qu&#39;aux esprits bien préparés. Louis Pasteur<br>
<br>
_______________________________________________<br>
phenixbb mailing list<br>
<a href="mailto:phenixbb@phenix-online.org">phenixbb@phenix-online.org</a><br>
<a href="http://phenix-online.org/mailman/listinfo/phenixbb" target="_blank">http://phenix-online.org/mailman/listinfo/phenixbb</a><br>
</blockquote></div><br><br clear="all"><div><br></div>-- <br>Nigel W. Moriarty<br>Building 64R0246B, Physical Biosciences Division<br>Lawrence Berkeley National Laboratory<br>Berkeley, CA 94720-8235<br>Phone : 510-486-5709     Email : NWMoriarty@LBL.gov<br>

Fax   : 510-486-5909       Web  : <a href="http://CCI.LBL.gov">CCI.LBL.gov</a>
</div>