<div dir="ltr">Hi, All Phenix users,<div><br></div><div>I am following this topic.</div><div><br></div><div><a href="http://www.phenix-online.org/pipermail/phenixbb/2014-April/020622.html">http://www.phenix-online.org/pipermail/phenixbb/2014-April/020622.html</a>.</div>
<div><br></div><div>Here is the point I am not clear. If I am using phenix.refine to generate LLG map, how do I pick the anomalous group since I have not placed them in the model yet? By the way, when I choose ion_placement and specify Br, the result comes with no Br.</div>
<div><br></div><div>Let me make my situation clear first.</div><div><br></div><div>I want to find whether the Br-containing ligand is seen in my protein which I have a high resolution structure available.</div><div><br></div>
<div>I have data collected at Br wavelength, peak or higher position. Phenix.xtriage reported that the anomalous signal is present to about 4A. However, both AutoSol or MR-SAD cannot identify the Br position. Simply say, AutoSol or MR-SAD can not generate any solution. Well, of course, the simple answer would be that there is no such ligand cocrystallized. </div>
<div><br></div><div>Anyway, I am trying<font color="#000000"> to see</font> if the anomalous difference map or LLG(generated by phenix.maps, this would be the initial one I assume) can tell me anything more useful.</div><div>
<br></div><div>So, my question on this topic would be what is a better way you guys would recommend to identify these Br-ligands? By the way, I did have the native datasets for the same protein with ligand.</div><div><br>
</div><div>Thanks!</div><div><br></div><div>Charles </div><div><br clear="all"><div><br></div>-- <br>







<p></p><p>***************************************************</p><p>Charles Chen</p><p>Research Associate</p><p>University of Pittsburgh School of Medicine</p><p>Department of Anesthesiology</p><p>******************************************************</p>
<p></p>
</div></div>