<div dir="ltr"><div><div>Hi all,<br><br></div>I was trying to prep a structure for PDB deposition. All the protein atoms were good, but I needed to correct some ADP and ligand issues. I ran coordinate refinement only on the ligands and subsequent ADP refinement. Everything was good, except the RSMD values output are clearly only for the ligands. Now I am wondering which values in the header I can trust as far as deposition goes. I tried to do a workaround where I ran refine with 0 macrocycles to see if I could get the proper values, but obviously the bulk solvent is different and I get higher R values. <br>
<br>I am wondering if I can run validation to get the correct RMSD values or if there are other header values that might have been affected by not refining all the coordinates?<br><br></div>Cheers,<br>Katherine<br clear="all">
<div><div><div><div><div><div><div><div><br>-- <br><div dir="ltr">&quot;Nil illegitimo carborundum&quot;<i> - </i>Didactylos</div>
</div></div></div></div></div></div></div></div></div>