<div dir="ltr">When using phenix.maps from the command line, passing any arguments for the &quot;map&quot; layer of parameters does not seem to work.  For example the command:<div><br></div><div>phenix.maps input.pdb_file_name=input.pdb input.reflection_data.file_name=input.mtz</div>
<div><br></div><div>works just fine, but parameters under the &quot;map&quot; section don&#39;t seem to have any effect, such as:</div><div><br></div><div>map.file_name=map.ccp4 map.kicked=True</div><div><br></div><div>Could I be doing something wrong, or does this not actually work?  I know I can set these parameters in a maps.params file, but I would like to be able to pass them on the command line for scripting and automation purposes.</div>
</div>