<div dir="ltr">On Mon, Sep 8, 2014 at 9:58 AM, CPMAS Chen <span dir="ltr">&lt;<a href="mailto:cpmasmit@gmail.com" target="_blank">cpmasmit@gmail.com</a>&gt;</span> wrote:<br><div class="gmail_extra"><div class="gmail_quote"><blockquote class="gmail_quote" style="margin:0px 0px 0px 0.8ex;border-left-width:1px;border-left-color:rgb(204,204,204);border-left-style:solid;padding-left:1ex"><div dir="ltr"><div>A difference map is used to identify whether there is anything not-modeled, say some ligands, ions. Then when I generate anomalous difference map, I should not put the ligand(which contains Br) in the model, right? Or in phenix, after I put the Br-ligand in the model, I should not see the anomalous difference density at the site, right?</div></div></blockquote><div><br></div><div>An &quot;anomalous difference map&quot; is a map of the anomalous differences DANO (Fobs(+) - Fobs(-)).  It&#39;s independent of  Fcalc, so it doesn&#39;t matter if you put the ligand in or not.  An &quot;anomalous residual map&quot;, or the log-likelihood gradient map used by Phaser (and also available from phenix.refine/phenix.maps), uses DANOobs - DANOcalc.  For these, what really matters is whether you&#39;ve refined anomalous scattering for the atom(s) in question.  I&#39;ve uploaded some slides showing practical examples:</div><div><br></div><div><a href="http://cci.lbl.gov/~nat/slides/llgmaps.pdf">http://cci.lbl.gov/~nat/slides/llgmaps.pdf</a><br></div><div><br></div><div>Regarding Phil&#39;s comment, it probably isn&#39;t having much of an effect on phases (and certainly very little risk of bias), but it will have a significant impact on amplitudes and resulting peak heights.</div><div><br></div><div>-Nat</div></div></div></div>