<div dir="ltr">John<div><br></div><div>It&#39;s likely you need to change the &quot;group&quot; in the restraints CIF to RNA. The atom names should also be the standard names on the backbone. I&#39;m happy to ensure that it works if you send me the files.</div><div><br></div><div>Cheers</div><div><br></div><div>Nigel</div><div><br></div><div>NB. Any files sent to me will be held in strictest confidence.<br><br></div></div><div class="gmail_extra"><br><div class="gmail_quote">On Thu, Sep 11, 2014 at 9:02 AM, John Cheong <span dir="ltr">&lt;<a href="mailto:john123cheong@gmail.com" target="_blank">john123cheong@gmail.com</a>&gt;</span> wrote:<br><blockquote class="gmail_quote" style="margin:0 0 0 .8ex;border-left:1px #ccc solid;padding-left:1ex"><div dir="ltr">Hi,<div><br></div><div>I have 5-fluoro-Uracil in my DNA:protein complex.</div><div>I modeled 5-F-dU into the map, ran eLBOW for geometry file and did refinement.</div><div>After the refinement, 5-F-dU is not connected to the neighboring nucleotides and the phosphate oxygens are rotated to wrong positions.</div><div><br></div><div>Can anyone teach me how to refine with non-standard DNA base ?</div><div><br></div><div>Any help or advice would be appreciated.</div><span class="HOEnZb"><font color="#888888"><div><br></div><div>John</div></font></span></div>
<br>_______________________________________________<br>
phenixbb mailing list<br>
<a href="mailto:phenixbb@phenix-online.org">phenixbb@phenix-online.org</a><br>
<a href="http://phenix-online.org/mailman/listinfo/phenixbb" target="_blank">http://phenix-online.org/mailman/listinfo/phenixbb</a><br>
<br></blockquote></div><br><br clear="all"><div><br></div>-- <br>Nigel W. Moriarty<br>Building 64R0246B, Physical Biosciences Division<br>Lawrence Berkeley National Laboratory<br>Berkeley, CA 94720-8235<br>Phone : 510-486-5709     Email : NWMoriarty@LBL.gov<br>Fax   : 510-486-5909       Web  : <a href="http://CCI.LBL.gov">CCI.LBL.gov</a>
</div>