<div dir="ltr">Hi,<div><br></div><div>I have 5-fluoro-Uracil in my DNA:protein complex.</div><div>I modeled 5-F-dU into the map, ran eLBOW for geometry file and did refinement.</div><div>After the refinement, 5-F-dU is not connected to the neighboring nucleotides and the phosphate oxygens are rotated to wrong positions.</div><div><br></div><div>Can anyone teach me how to refine with non-standard DNA base ?</div><div><br></div><div>Any help or advice would be appreciated.</div><div><br></div><div>John</div></div>