<div dir="ltr">On Sun, Sep 14, 2014 at 2:31 PM, Wei Shi <span dir="ltr">&lt;<a href="mailto:wei.shi118@gmail.com" target="_blank">wei.shi118@gmail.com</a>&gt;</span> wrote:<br><div class="gmail_extra"><div class="gmail_quote"><blockquote class="gmail_quote" style="margin:0 0 0 .8ex;border-left:1px #ccc solid;padding-left:1ex"><div dir="ltr"><div>For standard omit map, do you mean using Phenix-&gt; Maps -&gt; Composite omit map. And omit map method: Anneal and map types: 2mFo-DFc. Thank you so much!</div></div></blockquote><div><br></div><div>All I meant by &quot;standard&quot; was &quot;omit ligand, leave bulk solvent calculation alone&quot;.  It doesn&#39;t need to be a composite omit map - what you were doing originally using phenix.refine was sufficient (if unnecessarily slow), and this is exactly what reviewers (or P.I.s) tend to ask for.</div><div><br></div><div>-Nat</div></div></div></div>