<div dir="ltr"><div>Hi Nat, <br></div>For standard omit map, do you mean using Phenix-&gt; Maps -&gt; Composite omit map. And omit map method: Anneal and map types: 2mFo-DFc. Thank you so much!<br><br>Best, <br>Wei <br></div><div class="gmail_extra"><br><div class="gmail_quote">On Sun, Sep 14, 2014 at 5:18 PM, Nathaniel Echols <span dir="ltr">&lt;<a href="mailto:nechols@lbl.gov" target="_blank">nechols@lbl.gov</a>&gt;</span> wrote:<br><blockquote class="gmail_quote" style="margin:0 0 0 .8ex;border-left:1px #ccc solid;padding-left:1ex"><div dir="ltr"><span class="">On Sun, Sep 14, 2014 at 2:12 PM, Wei Shi <span dir="ltr">&lt;<a href="mailto:wei.shi118@gmail.com" target="_blank">wei.shi118@gmail.com</a>&gt;</span> wrote:<br></span><div class="gmail_extra"><div class="gmail_quote"><span class=""><blockquote class="gmail_quote" style="margin:0 0 0 .8ex;border-left:1px #ccc solid;padding-left:1ex"><div dir="ltr">Thank you so much! I guess I will do as Pavel first suggested to define a box around the ligand and omit all the scattering inside the box (ligand and bulk-solvent) using CCTBX. I now got CCTBX installed on my computer and are trying to figure out ... Let me know if any of you happen to know how to define a box and omit all the scattering using CCTBX. Thank you so much!<br></div></blockquote><div><br></div></span><div>I&#39;m skeptical that this is worth investing a lot of time in.  Sophisticated map calculations can be very useful for interpretation and building an initial model, but you shouldn&#39;t need to resort to writing custom software just to demonstrate that something is bound.  If I was a paper reviewer I would ask to see the standard omit map, without any tricks.  (Actually, I&#39;d ask for the model and experimental data so I could calculate the map myself, but I&#39;m not sure how common this practice is.)</div><div><br></div><div>-Nat</div></div></div></div>
</blockquote></div><br></div>