<html>
  <head>
    <meta content="text/html; charset=windows-1252"
      http-equiv="Content-Type">
  </head>
  <body bgcolor="#FFFFFF" text="#000000">
    Hi George,<br>
    <br>
    the target function implemented for real-space refinement is such
    that it moves atoms towards closest map peaks (the target is the
    negative sum of map values calculated at atomic centers). Obviously,
    this target is not very similar to R-factor function or reciprocal
    space targets that are more or less quadratic near the minimum. All
    in all this means that real-space refinement does not guarantee
    R-factor decrease and a following round of reciprocal space
    refinement is necessary if you plan to look at R-factors. The reason
    why this target is use is because it is fastest to calculate.<br>
    <br>
    Pavel<br>
    <br>
    <br>
    <div class="moz-cite-prefix">On 9/19/14 1:22 PM, Nathaniel Echols
      wrote:<br>
    </div>
    <blockquote
cite="mid:CALeAa1OqCsZ-FBnhe6WwgxWWsupvs1v=-orFarVp=sq-mc2sOg@mail.gmail.com"
      type="cite">
      <div dir="ltr">Global real-space refinement simply isn't very
        useful at high resolution, and you shouldn't need a large radius
        of convergence when the R-free is already 13%. �I'm a big fan of
        automating everything possible, but this is one case where
        fixing the sidechains manually in Coot (which should do an
        excellent job) is by far the easiest option. �Once you fix the
        sidechains the C-beta outliers will probably disappear.
        <div><br>
        </div>
        <div>PS. A common reason for C-beta deviations at high
          resolution is residues with alternate conformations being
          split at C-beta rather than splitting the entire residue,
          which allows the backbone to move to accommodate the optimal
          placement of the sidechain (rather than straining the geometry
          to get the sidechain atoms to fit the density). �Always split
          the entire residue - the backbone is almost never rigid in
          disordered regions.</div>
        <div><br>
        </div>
      </div>
      <div class="gmail_extra"><br>
        <div class="gmail_quote">On Fri, Sep 19, 2014 at 1:11 PM, George
          Devaniranjan <span dir="ltr">&lt;<a moz-do-not-send="true"
              href="mailto:devaniranjan@gmail.com" target="_blank">devaniranjan@gmail.com</a>&gt;</span>
          wrote:<br>
          <blockquote class="gmail_quote" style="margin:0 0 0
            .8ex;border-left:1px #ccc solid;padding-left:1ex">
            <div dir="ltr">Hi,
              <div><br>
              </div>
              <div>I refined (phenix.refine) �a 1.0� structure but it
                had a few CB outliers and some rotamer outliers.</div>
              <div><br>
              </div>
              <div>I decided to try real_space_refine, to check if they
                could be fixed (given that it has a higher radius of
                convergence).</div>
              <div>(using run=local_grid_search+minimization_global in
                real_space_refine)<br>
              </div>
              <div><br>
              </div>
              <div>But, the R/R(free) increased from 11.39/13.24( for
                the refine model) to 16.51/17.55 (real_space_refine
                model).</div>
              <div><br>
              </div>
              <div>It seemed a big increase, when I looked at the map
                against the structure the protein itself seemed fine.</div>
              <div>The rotamers outliers had decreased, the CB outliers
                were fixed..etc</div>
              <div><br>
              </div>
              <div>The solvent fit to the density had worsened in COOT.</div>
              <div><br>
              </div>
              <div>What am I doing wrong? Any suggestions, advice would
                be much appreciated.</div>
              <div><br>
              </div>
              <div>Thank you,</div>
              <div>George</div>
            </div>
            <br>
            _______________________________________________<br>
            phenixbb mailing list<br>
            <a moz-do-not-send="true"
              href="mailto:phenixbb@phenix-online.org">phenixbb@phenix-online.org</a><br>
            <a moz-do-not-send="true"
              href="http://phenix-online.org/mailman/listinfo/phenixbb"
              target="_blank">http://phenix-online.org/mailman/listinfo/phenixbb</a><br>
            <br>
          </blockquote>
        </div>
        <br>
      </div>
      <br>
      <fieldset class="mimeAttachmentHeader"></fieldset>
      <br>
      <pre wrap="">_______________________________________________
phenixbb mailing list
<a class="moz-txt-link-abbreviated" href="mailto:phenixbb@phenix-online.org">phenixbb@phenix-online.org</a>
<a class="moz-txt-link-freetext" href="http://phenix-online.org/mailman/listinfo/phenixbb">http://phenix-online.org/mailman/listinfo/phenixbb</a>
</pre>
    </blockquote>
    <br>
  </body>
</html>