<div dir="ltr"><div class="gmail_extra">On Thu, Oct 9, 2014 at 10:30 AM, Tim Gruene <span dir="ltr">&lt;<a href="mailto:tg@shelx.uni-ac.gwdg.de" target="_blank">tg@shelx.uni-ac.gwdg.de</a>&gt;</span> wrote:<br><div class="gmail_quote"><blockquote class="gmail_quote" style="margin:0 0 0 .8ex;border-left:1px #ccc solid;padding-left:1ex">a CC of 0.49 is quite strong<br></blockquote><div><br></div><div>No no no no no.  This would be true in the general case, but it is absolutely *not* a good CC for comparing local density, especially when judging LigandFit results.  A LigandFit CC &gt; 0.8 is almost certainly correct, &gt; 0.7 is probably correct but may have some misfit atoms or poor density, &gt; 0.6 is maybe correct but frequently wrong, and &lt; 0.6 is almost certainly wrong.  For comparing the refined model with 2mFo-DFc density, the thresholds are higher - a ligand with refined CC &lt; 0.8 should be treated with extreme suspicion.</div><div><br></div><div>Obviously we need a better measure than CC!</div><div><br></div><blockquote class="gmail_quote" style="margin:0 0 0 .8ex;border-left:1px #ccc solid;padding-left:1ex"><span class="">&gt; Is there a better way to fit the peptide into density?</span></blockquote><div><br></div><div>LigandFit isn&#39;t really the appropriate tool for this - but I don&#39;t think there&#39;s actually an easy, automatic way to do what you want in Phenix right now.  You can run AutoBuild with the existing model defined as &quot;ligands&quot;, but that&#39;s going to be very slow.</div><div><br></div><div>Although I&#39;m a little surprised that AutoBuild didn&#39;t build any peptide - are you sure it isn&#39;t already in your model somewhere?  Or did it build something and you removed it?  If you didn&#39;t include it in the sequence file, it may be a random set of residues (AutoBuild&#39;s guess for the actual sequence).</div><div><br></div><div>-Nat</div><div> </div></div></div></div>