<div dir="ltr">On Mon, Oct 13, 2014 at 9:31 AM, Sneha Rangarajan <span dir="ltr">&lt;<a href="mailto:rsneha@umd.edu" target="_blank">rsneha@umd.edu</a>&gt;</span> wrote:<br><div class="gmail_extra"><div class="gmail_quote"><blockquote class="gmail_quote" style="margin:0 0 0 .8ex;border-left:1px #ccc solid;padding-left:1ex">





<div lang="EN-US" link="blue" vlink="purple">
<div>
<p class="MsoNormal"><span style="color:rgb(31,73,125);font-family:Calibri,sans-serif;font-size:11pt">One more question- When does one use “add hydrogens” in refinement? Does it help in the final stages of refinement?</span></p></div></div></blockquote><div><br></div><div>In theory, yes.  Early in refinement hydrogen atoms tend to just make phenix.refine much slower.  Later in refinement, they can help with geometry and R-factors.  Personally I&#39;ve never seen much benefit from using hydrogens at moderate resolution, but it&#39;s worth trying them and seeing what happens.  It&#39;s more important to pick optimal restraint weights (use the automatic weight optimization for this) and a good refinement strategy (add TLS, turn off real-space), and deal with any notable difference density peaks.</div><div><br></div><div>-Nat</div></div></div></div>