<div dir="ltr">Hi Nat,<div><br></div><div>Would you define &quot;significant&quot; for me (as you see it of course)?</div><div><br></div><div>I am NOT a X-ray crystallographer but I was intrigued by this post. I have RE-refined structures and have seen R/R (Free) go up say by 0.4</div><div>Say from 0.110 to 0.150</div><div>Would you say that is significant for high resolution structures ?</div><div><br></div><div>Thank you,</div><div>George</div></div><div class="gmail_extra"><br><div class="gmail_quote">On Mon, Oct 27, 2014 at 4:13 PM, Nathaniel Echols <span dir="ltr">&lt;<a href="mailto:nechols@lbl.gov" target="_blank">nechols@lbl.gov</a>&gt;</span> wrote:<br><blockquote class="gmail_quote" style="margin:0 0 0 .8ex;border-left:1px #ccc solid;padding-left:1ex"><div dir="ltr"><span class="">On Mon, Oct 27, 2014 at 1:00 PM, Cedric <span dir="ltr">&lt;<a href="mailto:patrick.cossins@inbox.com" target="_blank">patrick.cossins@inbox.com</a>&gt;</span> wrote:<br></span><div class="gmail_extra"><div class="gmail_quote"><span class=""><blockquote class="gmail_quote" style="margin:0px 0px 0px 0.8ex;border-left-width:1px;border-left-color:rgb(204,204,204);border-left-style:solid;padding-left:1ex">Hi Phenix and CCP4 community,<br>
<br>
(sorry for the cross posting).<br>
<br>
I was looking at a PDB file.<br>
<br>
The <a href="http://www.rcsb.org/" target="_blank">http://www.rcsb.org/</a> website page gives the following values:<br>
<br>
R-Value: 0.103 (work)<br>
R-Free:  0.134<br>
<br>
The actual PDB file gives the following:<br>
<br>
R :0.110<br>
FREE R VALUE : 0.170<br>
<br>
I was wondering why the difference. The structure is 1.0A resolution 2CWS.<br></blockquote><div><br></div></span><div>I don&#39;t have an exact explanation, but there is some inconsistency in the way data are stored internally by the PDB.  The mmCIF file is the most complete representation:</div><div><br></div><div><div>_refine.ls_R_factor_R_work                     0.103 </div><div>_refine.ls_R_factor_R_free                     0.134 </div></div><div>...</div><div><div>_pdbx_refine.R_factor_all_no_cutoff                      0.1101 </div><div>_pdbx_refine.R_factor_obs_no_cutoff                      ? </div><div>_pdbx_refine.free_R_factor_no_cutoff                     0.1704</div></div><div><br></div><div>So, the first set is what gets displayed on the web page, the second set ends up in the PDB header.  I suspect something went awry in deposition, but only the PDB and the depositors can answer that question.</div><div><br></div><div>I wouldn&#39;t take the advertised statistics at face value anyway; I prefer to rely on recalculated values (and if these are significantly different, I view the structure with suspicion).  In this case, phenix.model_vs_data says:</div><div><br></div><div><div>    r_work(re-computed)                : 0.1081 </div><div>    r_free(re-computed)                : 0.1377 </div></div><div><br></div><div>which, accounting for the precision loss in PDB format and the differences between SHELXL and Phenix, are reasonable enough, and suggest that the values on the web page are probably accurate.</div><div><br></div><div>-Nat</div></div></div></div>
<br>_______________________________________________<br>
phenixbb mailing list<br>
<a href="mailto:phenixbb@phenix-online.org">phenixbb@phenix-online.org</a><br>
<a href="http://phenix-online.org/mailman/listinfo/phenixbb" target="_blank">http://phenix-online.org/mailman/listinfo/phenixbb</a><br>
<br></blockquote></div><br></div>