<html>
  <head>
    <meta content="text/html; charset=windows-1252"
      http-equiv="Content-Type">
  </head>
  <body bgcolor="#FFFFFF" text="#000000">
    <br>
    <div class="moz-cite-prefix">On 10/27/14 4:43 PM, Nathaniel Echols
      wrote:<br>
    </div>
    <blockquote
cite="mid:CALeAa1MapZosx+898mrWJ8gudT9hhYgQ4jZYpWr64Z7wLwTLmQ@mail.gmail.com"
      type="cite">
      <div dir="ltr">On Mon, Oct 27, 2014 at 1:19 PM, George
        Devaniranjan <span dir="ltr">&lt;<a moz-do-not-send="true"
            href="mailto:devaniranjan@gmail.com" target="_blank">devaniranjan@gmail.com</a>&gt;</span>
        wrote:<br>
        <div class="gmail_extra">
          <div class="gmail_quote">
            <blockquote class="gmail_quote" style="margin:0px 0px 0px
0.8ex;border-left-width:1px;border-left-color:rgb(204,204,204);border-left-style:solid;padding-left:1ex">
              <div dir="ltr">
                <div>Would you define "significant" for me (as you see
                  it of course)?</div>
              </div>
            </blockquote>
            <div><br>
            </div>
            <div>Pavel's definition:</div>
            <div><br>
            </div>
            <div><a moz-do-not-send="true"
                href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pmc/articles/PMC2906258/">http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pmc/articles/PMC2906258/</a><br>
            </div>
            <div><br>
            </div>
            <div>"...the difference between R factors computed using the
              different methods is typically less than 0.01%."</div>
            <div><br>
            </div>
            <div>I think this is probably a typo and it is supposed to
              mean "1%" or "0.01", which would have been my estimate.�
              Certainly differences below 0.005 are hardly worth
              noticing, and below 0.001 is statistical noise.�
              Differences above 0.01 are more worrisome (although not
              entirely unheard of).<br>
            </div>
          </div>
        </div>
      </div>
    </blockquote>
    <br>
    It depends what you compare and how.. Two scenarios:<br>
    <br>
    1) Compute Fcalc using FFT (Fc_fft) and direct summation (Fc_direct)
    and compute R-factor(Fc_fft, Fc_direct). In this case indeed
    typically the R-factor will be below 1% (not 0.01% !). Attached
    script illustrates this (to run: phenix.python run.py).<br>
    Also, Table 4 in<br>
    <br>
    Acta Cryst. (2004). A60, 19-32.<br>
    On a fast calculation of structure factors at a subatomic resolution<br>
    P. V. Afonine and A. Urzhumtsev<br>
    <br>
    does exactly this comparison.<br>
    <br>
    2) You run two identical refinements, in one you use FFT and in the
    other one direct summation. In this case the difference between
    R-factors is likely to be below 0.01%. This is because refinable
    parameters will absorb the differences.<br>
    <br>
    Pavel<br>
    <br>
    <br>
    <br>
  </body>
</html>