<div dir="ltr">On Mon, Oct 27, 2014 at 1:48 PM, Phil Jeffrey <span dir="ltr">&lt;<a href="mailto:pjeffrey@princeton.edu" target="_blank">pjeffrey@princeton.edu</a>&gt;</span> wrote:<br><div class="gmail_extra"><div class="gmail_quote"><blockquote class="gmail_quote" style="margin:0 0 0 .8ex;border-left:1px #ccc solid;padding-left:1ex">I believe SHELXL reports R1 cut at 4 sigma F and also R1 on all data, which I&#39;ve got to bet is the source of those two different values. However I&#39;ve never used SHELXL for protein and don&#39;t know if the cutoff is redefined for protein data.<br></blockquote><div><br></div><div>No, but the fact that phenix.model_vs_data comes closer to the lower values (without discarding any data) suggests that the higher values don&#39;t reflect the statistics with cutoffs applied.  (As expected, model_vs_data reports slightly lower R-factors when the cutoffs are used.)</div><div><br></div><div>-Nat</div></div></div></div>