<div dir="ltr">Hi,<div><br></div><div> I refined a structure using phenix.refine.<br></div><div><br></div><div>The R/R free decreased slightly from 13.46/15.87 to 13.0/15.6.</div><div><br></div><div>But, molprobity said there were 3 CB outliers (starting from 0).</div><div><br></div><div>I looked at those residues in COOT. I could NOT really see a different between the refined and initial model.</div><div><br></div><div>In addition I looked at COOT</div><div>validate--&gt;density fit analysis</div><div>I cannot see ANY difference in the peak heights (same numerical value too).</div><div><br></div><div>I looked at RSCC (using phenix validate tools as well).</div><div>I still can&#39;t see a difference in the plots.</div><div><br></div><div>I am not sure how to get rid of the 3 CB outliers that have crept in since I can&#39;t pick them out as worse off in the refined model.</div><div><br></div><div>I ask since in another case &gt; 3 CB outliers, with the same results in picking them out in COOT/RSCC.</div><div><br></div><div>I am wondering if there is another way I can see the deviation and fix it?</div><div><br></div><div>Thank you,</div><div>George</div></div>