<html>
  <head>
    <meta content="text/html; charset=windows-1252"
      http-equiv="Content-Type">
  </head>
  <body bgcolor="#FFFFFF" text="#000000">
    You can generate and use metal coordination restraints. Run<br>
    <br>
     phenix.metal_coordination model.pdb<br>
    <br>
    then check and edit (if necessary) resulting file and give to
    phenix.refine next time you run it.<br>
    <br>
    I'm pretty sure you can do it in the GUI.<br>
    <br>
    Pavel<br>
    <br>
    <br>
    <div class="moz-cite-prefix">On 11/10/14 8:57 AM, CPMAS Chen wrote:<br>
    </div>
    <blockquote
cite="mid:CAAU4GKZuB1BoDFaREAk0LxH01tMFios_YHfsQgRWzt=K9-tcnQ@mail.gmail.com"
      type="cite">
      <div dir="ltr">Dear All Phenix Users,
        <div><br>
        </div>
        <div>Is there a way to fix certain atoms position during
          refinement?</div>
        <div><br>
        </div>
        <div>I have some heavy atoms identified with MR-SAD, but when I
          build the whole molecule and have phenix to refine its
          position, the heavy atom's position is shifted from the
          anomalous signal. Therefore I would like to have these heavy
          atoms positions fixed during refinement. </div>
        <div><br>
        </div>
        <div>Thanks!</div>
        <div><br>
        </div>
        <div>Charles </div>
        <div>
          <div><br>
          </div>
          -- <br>
          <div class="gmail_signature">
            <p>***************************************************</p>
            <p>Charles Chen</p>
            <p>Research Associate</p>
            <p>University of Pittsburgh School of Medicine</p>
            <p>Department of Anesthesiology</p>
            <p>******************************************************</p>
          </div>
        </div>
      </div>
      <br>
      <fieldset class="mimeAttachmentHeader"></fieldset>
      <br>
      <pre wrap="">_______________________________________________
phenixbb mailing list
<a class="moz-txt-link-abbreviated" href="mailto:phenixbb@phenix-online.org">phenixbb@phenix-online.org</a>
<a class="moz-txt-link-freetext" href="http://phenix-online.org/mailman/listinfo/phenixbb">http://phenix-online.org/mailman/listinfo/phenixbb</a>
</pre>
    </blockquote>
    <br>
  </body>
</html>