<div dir="ltr">I will leave it to others to debate the wisdom of this strategy, but to answer the purely technical question:<div class="gmail_extra"><br><div class="gmail_quote">On Sun, Nov 16, 2014 at 2:06 PM, Guenter Fritz <span dir="ltr">&lt;<a href="mailto:guenter.fritz@uni-konstanz.de" target="_blank">guenter.fritz@uni-konstanz.de</a>&gt;</span> wrote:<br><blockquote class="gmail_quote" style="margin:0 0 0 .8ex;border-left:1px #ccc solid;padding-left:1ex">Is it possible to use protein and water atoms from the reference models to generate restraints for the low resolution refinement?<br></blockquote><div><br></div><div>I don&#39;t think so.  You&#39;ll probably find it easier to refine the atoms separately, i.e. one run with reference model and the individual sites selection set to &quot;not resname HOH&quot;, followed by a run with harmonic restraints on waters and selection &quot;resname HOH&quot;.  Alternately, you could try applying harmonic restraints to the entire model, although I suspect that the waters and protein require different weights (or sigmas).</div><div><br></div><div>-Nat</div></div></div></div>