<html>
  <head>
    <meta content="text/html; charset=windows-1252"
      http-equiv="Content-Type">
  </head>
  <body bgcolor="#FFFFFF" text="#000000">
    Hello,<br>
    <br>
    I tried this idea back in 2004. In a nutshell: using all (or
    categorized subset of) structures in PDB we can learn about
    distribution of structured water and given this knowledge we can
    build an a priori contribution of scattering arising from such water
    to the scattering of any given new structure or a structure at low
    resolution (where the water is not visible in maps).<br>
    <br>
    Either I did not spend enough time on this or the idea wasn't
    viable, but one way or another this did not work in my hands. I
    think it may be worth revisiting this 10 years later! Perhaps I
    would do it better now than back then!<br>
    <br>
    All the best,<br>
    Pavel<br>
    <br>
    <div class="moz-cite-prefix">On 11/16/14 2:19 PM, Nathaniel Echols
      wrote:<br>
    </div>
    <blockquote
cite="mid:CALeAa1M3mUeYcWEYNEBjtCt21UcSExt+o-j8P-mnDXOsUtN+YQ@mail.gmail.com"
      type="cite">
      <div dir="ltr">I will leave it to others to debate the wisdom of
        this strategy, but to answer the purely technical question:
        <div class="gmail_extra"><br>
          <div class="gmail_quote">On Sun, Nov 16, 2014 at 2:06 PM,
            Guenter Fritz <span dir="ltr">&lt;<a moz-do-not-send="true"
                href="mailto:guenter.fritz@uni-konstanz.de"
                target="_blank">guenter.fritz@uni-konstanz.de</a>&gt;</span>
            wrote:<br>
            <blockquote class="gmail_quote" style="margin:0 0 0
              .8ex;border-left:1px #ccc solid;padding-left:1ex">Is it
              possible to use protein and water atoms from the reference
              models to generate restraints for the low resolution
              refinement?<br>
            </blockquote>
            <div><br>
            </div>
            <div>I don't think so.  You'll probably find it easier to
              refine the atoms separately, i.e. one run with reference
              model and the individual sites selection set to "not
              resname HOH", followed by a run with harmonic restraints
              on waters and selection "resname HOH".  Alternately, you
              could try applying harmonic restraints to the entire
              model, although I suspect that the waters and protein
              require different weights (or sigmas).</div>
            <div><br>
            </div>
            <div>-Nat<br>
            </div>
          </div>
        </div>
      </div>
    </blockquote>
    <br>
  </body>
</html>