<div dir="ltr">@Laurent<div><br></div><div>Engin advice is sound but you are having trouble free feel to send me the inputs directly.</div><div><br></div><div>NB. Any files sent to me will be held in strictest confidence.<br><br></div><div><br></div><div>@Engin</div><div><br></div><div>I think you will find what you are looking for in the GeoStd. As restraints are improved, they are moved from $PHENIX/chem_data/mon_lib to $PHENIX/chem_data/geostd (which is hosted on SourceForge for anybody&#39;s use). The directory structure is the same as the Monomer Library with a geostd_list.cif file corresponding to mon_lib_list.cif which specifies the links.</div><div><br></div><div class="gmail_extra"><br clear="all"><div><div class="gmail_signature"><div dir="ltr">Cheers<div><br></div><div>Nigel<div><br></div><div>---</div><div>Nigel W. Moriarty<br>Building 64R0246B, Physical Biosciences Division<br>Lawrence Berkeley National Laboratory<br>Berkeley, CA 94720-8235<br>Phone : 510-486-5709     Email : NWMoriarty@LBL.gov<br>Fax   : 510-486-5909       Web  : <a href="http://CCI.LBL.gov" target="_blank">CCI.LBL.gov</a></div></div></div></div></div>
<br><div class="gmail_quote">On Tue, Nov 18, 2014 at 8:25 AM, Engin Özkan <span dir="ltr">&lt;<a href="mailto:eozkan@uchicago.edu" target="_blank">eozkan@uchicago.edu</a>&gt;</span> wrote:<br><blockquote class="gmail_quote" style="margin:0 0 0 .8ex;border-left:1px #ccc solid;padding-left:1ex">Hi Laurent,<br>
<br>
If I am reading the error message right, you did not delete the hydrogens that get removed upon bond formation. That&#39;s what it is complaining about. I always thought Phenix probably removed these atoms (the hydroxyl and the hydrogen) automatically when you defined the link, but never tested if it really does it.<br>
<br>
I also usually remove all hydrogens right away when sugar residues are inserted.<br>
<br>
Finally, I will recommend that you use automatic linking in the phenix.refine GUI. It works great (I am on the latest nightly, dev-1839; you may need to upgrade). No need to define pesky links anymore. Thank you developers!<br>
<br>
At the risk of hijacking the thread, I could not find in my installation the cif files for N-linked sugars. Have they been moved elsewhere?<br>
<br>
Hope this helps,<br>
Engin<div class="HOEnZb"><div class="h5"><br>
<br>
On 11/18/14 10:02 AM, Laurent Maveyraud wrote:<br>
<blockquote class="gmail_quote" style="margin:0 0 0 .8ex;border-left:1px #ccc solid;padding-left:1ex">
Hi,<br>
<br>
I am currently refining a structure of a glycosylated protein, but I fail to define the appropriate links...<br>
The glycosylatin is<br>
Asn638-NAG1061-(beta1-4)-<u></u>NAG1062-(beta1-4)-BMA1063-(<u></u>ALPHA1-3)-MAN1064<br>
<br>
This is what I add in the eff file :<br>
apply_cif_link {<br>
  data_link = NAG-ASN<br>
  residue_selection_1 = chain D and resname NAG and resid 1061<br>
  residue_selection_2 = chain A and resname ASN and resid 638<br>
}<br>
apply_cif_link {<br>
  data_link = BETA1-4<br>
  residue_selection_1 = chain D and resname NAG and resid 1062<br>
  residue_selection_2 = chain D and resname NAG and resid 1061<br>
}<br>
apply_cif_link {<br>
  data_link = BETA1-4<br>
  residue_selection_1 = chain D and resname BMA and resid 1063<br>
  residue_selection_2 = chain D and resname NAG and resid 1062<br>
}<br>
apply_cif_link {<br>
  data_link = ALPHA1-3<br>
  residue_selection_1 = chain D and resname MAN and resid 1064<br>
  residue_selection_2 = chain D and resname BMA and resid 1063<br>
}<br>
this is correctly read in refine:<br>
  apply_cif_link:<br>
    data_link: NAG-ASN<br>
      mod_id_1: DEL-O1<br>
      mod_id_2: DEL-HD22<br>
    residue_selection_1: chain D and resname NAG and resid 1061<br>
    residue_selection_2: chain A and resname ASN and resid 638<br>
  apply_cif_link:<br>
    data_link: BETA1-4<br>
      mod_id_1: DEL-HO4<br>
      mod_id_2: DEL-O1<br>
    residue_selection_1: chain D and resname NAG and resid 1062<br>
    residue_selection_2: chain D and resname NAG and resid 1061<br>
  apply_cif_link:<br>
    data_link: BETA1-4<br>
      mod_id_1: DEL-HO4<br>
      mod_id_2: DEL-O1<br>
    residue_selection_1: chain D and resname BMA and resid 1063<br>
    residue_selection_2: chain D and resname NAG and resid 1062<br>
  apply_cif_link:<br>
    data_link: ALPHA1-3<br>
      mod_id_1: DEL-HO3<br>
      mod_id_2: DEL-O1<br>
    residue_selection_1: chain D and resname MAN and resid 1064<br>
    residue_selection_2: chain D and resname BMA and resid 1063<br>
but generates an error :<br>
<br>
  Number of atoms with unknown nonbonded energy type symbols: 5<br>
    &quot;HETATM10951  HO4 NAG D1052 .*.     H  &quot;<br>
    &quot;HETATM10973  HO4 BMA D1053 .*.     H  &quot;<br>
    &quot;HETATM11028  HO4 NAG D1062 .*.     H  &quot;<br>
    &quot;HETATM11050  HO4 BMA D1063 .*.     H  &quot;<br>
    &quot;HETATM11070  HO3 MAN D1064 .*.     H  &quot;<br>
<br>
and the job stops.<br>
<br>
Any ideas on what if wrong ?<br>
<br>
thanks for your help<br>
<br>
Laurent<br>
</blockquote>
<br></div></div><div class="HOEnZb"><div class="h5">
______________________________<u></u>_________________<br>
phenixbb mailing list<br>
<a href="mailto:phenixbb@phenix-online.org" target="_blank">phenixbb@phenix-online.org</a><br>
<a href="http://phenix-online.org/mailman/listinfo/phenixbb" target="_blank">http://phenix-online.org/<u></u>mailman/listinfo/phenixbb</a><br>
</div></div></blockquote></div><br></div></div>