<div dir="ltr">On Wed, Nov 26, 2014 at 8:18 AM, Andreas Förster <span dir="ltr">&lt;<a href="mailto:docandreas@gmail.com" target="_blank">docandreas@gmail.com</a>&gt;</span> wrote:<br><div class="gmail_extra"><div class="gmail_quote"><blockquote class="gmail_quote" style="margin:0px 0px 0px 0.8ex;border-left-width:1px;border-left-color:rgb(204,204,204);border-left-style:solid;padding-left:1ex">I&#39;m trying to get phenix.rosetta_refine to run.  I think it&#39;s all set up properly, with Rosetta 3.5 and Phenix 1810 on RHEL 6.3 64bit.<br></blockquote><div><br></div><div>First bit of advice: don&#39;t use Rosetta 3.5, Frank has fixed a bunch of bugs since then.  You&#39;ll need one of the recent weekly releases.</div><div> </div><blockquote class="gmail_quote" style="margin:0px 0px 0px 0.8ex;border-left-width:1px;border-left-color:rgb(204,204,204);border-left-style:solid;padding-left:1ex">
However<br>
<br>
phenix.rosetta_refine model.pdb data.mtz nproc=48 protocol=full &gt; log&amp;<br>
<br>
fails with the following error in log:<br>
<br>
End of input processing<br>
Sorry: The RosettaScripts executable could not be located.  Please add the appropriate directory to your PATH environment variable, or set the variable ROSETTA_BIN to point to it.<br></blockquote><div><br></div><div>This was a poorly written error message - that environment variable doesn&#39;t actually have the desired effect here.  (It&#39;s fixed in the current code but we&#39;re overdue for a new nightly build.)  The correct approach is to set the variable PHENIX_ROSETTA_PATH, which will point to the top level of the Rosetta distribution - in their newer directory layout this will have a sub-directory named &quot;main&quot;, so if you don&#39;t see that, you&#39;re in the wrong place.</div><div><br></div><div>-Nat</div></div></div></div>