Hi Nigel,<br><br>Beautiful -- those new restraints did the trick.  Thank you!<br><div><br></div><div>~Daniel</div><br><div class="gmail_quote">On Mon Dec 01 2014 at 1:54:12 PM Nigel Moriarty &lt;<a href="mailto:nwmoriarty@lbl.gov">nwmoriarty@lbl.gov</a>&gt; wrote:<br><blockquote class="gmail_quote" style="margin:0 0 0 .8ex;border-left:1px #ccc solid;padding-left:1ex"><div dir="ltr">Dan<div><br></div><div>The problem is that NLE restraints file is a legacy from the v2 PDB atom names. I have attached a restraints file that I created using</div><div><br></div><div>phenix.elbow --chemical_component=NLE</div><div><br></div><div>I will update the restraints library in Phenix.</div><div><br></div></div><div class="gmail_extra"><br clear="all"><div><div><div dir="ltr">Cheers<div><br></div><div>Nigel<div><br></div><div>---</div><div>Nigel W. Moriarty<br>Building 64R0246B, Physical Biosciences Division<br>Lawrence Berkeley National Laboratory<br>Berkeley, CA 94720-8235<br>Phone : 510-486-5709     Email : NWMoriarty@LBL.gov<br>Fax   : 510-486-5909       Web  : <a href="http://CCI.LBL.gov" target="_blank">CCI.LBL.gov</a></div></div></div></div></div>
<br><div class="gmail_quote"></div></div><div class="gmail_extra"><div class="gmail_quote">On Mon, Dec 1, 2014 at 1:19 PM, Joel Tyndall <span dir="ltr">&lt;<a href="mailto:joel.tyndall@otago.ac.nz" target="_blank">joel.tyndall@otago.ac.nz</a>&gt;</span> wrote:<br></div></div><div class="gmail_extra"><div class="gmail_quote"><blockquote class="gmail_quote" style="margin:0 0 0 .8ex;border-left:1px #ccc solid;padding-left:1ex">





<div lang="EN-NZ" link="#0563C1" vlink="#954F72">
<div>
<p class="MsoNormal"><span style="font-size:11.0pt;font-family:&quot;Calibri&quot;,sans-serif;color:#1f497d">Do you need to define links to define the bonds?<u></u><u></u></span></p>
<p class="MsoNormal"><span style="font-size:11.0pt;font-family:&quot;Calibri&quot;,sans-serif;color:#1f497d"><u></u> <u></u></span></p>
<p class="MsoNormal"><b><span lang="EN-US" style="font-size:11.0pt;font-family:&quot;Calibri&quot;,sans-serif">From:</span></b><span lang="EN-US" style="font-size:11.0pt;font-family:&quot;Calibri&quot;,sans-serif"> <a href="mailto:phenixbb-bounces@phenix-online.org" target="_blank">phenixbb-bounces@phenix-online.org</a> [mailto:<a href="mailto:phenixbb-bounces@phenix-online.org" target="_blank">phenixbb-bounces@phenix-online.org</a>]
<b>On Behalf Of </b>Daniel Keedy<br>
<b>Sent:</b> Tuesday, 2 December 2014 8:10 a.m.<br>
<b>To:</b> <a href="mailto:phenixbb@phenix-online.org" target="_blank">phenixbb@phenix-online.org</a><br>
<b>Subject:</b> [phenixbb] norleucine (NLE) restraints<u></u><u></u></span></p><div><div>
<p class="MsoNormal"><u></u> <u></u></p>
<p class="MsoNormal">Hi everybody,<u></u><u></u></p>
<div>
<p class="MsoNormal" style="line-height:14.85pt"><u></u> <u></u></p>
</div>
<div>
<p class="MsoNormal" style="line-height:14.85pt">First-time poster!  I&#39;m trying to re-refine 2f4k.pdb, but phenix.refine chokes on the non-standard norleucine (NLE) amino acid.  I&#39;ve tried phenix.elbow and phenix.ready_set using different version of PHENIX,
 with the NLE cards as either HETATM or ATOM, all to no avail.  SHELX was used to refine the structure originally, but I&#39;d like to use PHENIX to re-refine it.  Any ideas on how to define these restraints?<u></u><u></u></p>
</div>
<div>
<p class="MsoNormal" style="line-height:14.85pt"><u></u> <u></u></p>
</div>
<div>
<p class="MsoNormal" style="line-height:14.85pt">Daniel Keedy<u></u><u></u></p>
</div>
<div>
<p class="MsoNormal" style="line-height:14.85pt">James Fraser Lab<u></u><u></u></p>
</div>
<div>
<p class="MsoNormal" style="line-height:14.85pt">UCSF<u></u><u></u></p>
</div>
</div></div></div>
</div>

<br></blockquote></div></div><div class="gmail_extra"><div class="gmail_quote"><blockquote class="gmail_quote" style="margin:0 0 0 .8ex;border-left:1px #ccc solid;padding-left:1ex">_______________________________________________<br>
phenixbb mailing list<br>
<a href="mailto:phenixbb@phenix-online.org" target="_blank">phenixbb@phenix-online.org</a><br>
<a href="http://phenix-online.org/mailman/listinfo/phenixbb" target="_blank">http://phenix-online.org/mailman/listinfo/phenixbb</a><br>
<br></blockquote></div><br></div>
______________________________<u></u>_________________<br>
phenixbb mailing list<br>
<a href="mailto:phenixbb@phenix-online.org" target="_blank">phenixbb@phenix-online.org</a><br>
<a href="http://phenix-online.org/mailman/listinfo/phenixbb" target="_blank">http://phenix-online.org/<u></u>mailman/listinfo/phenixbb</a><br>
</blockquote></div>