<html>
  <head>
    <meta content="text/html; charset=windows-1252"
      http-equiv="Content-Type">
  </head>
  <body bgcolor="#FFFFFF" text="#000000">
    Hello Maher,<br>
    <br>
    this means your PDB file contains a molecule that cannot be matched
    against known molecules in Phenix dictionary. Can you please send me
    PDB file and I will be able to tell more.<br>
    <br>
    Pavel<br>
    <br>
    <div class="moz-cite-prefix">On 12/3/14 10:55 AM, maher alayyoubi
      wrote:<br>
    </div>
    <blockquote
cite="mid:1951086978.4538282.1417632914323.JavaMail.yahoo@jws10645.mail.bf1.yahoo.com"
      type="cite">
      <div style="color:#000; background-color:#fff;
        font-family:HelveticaNeue, Helvetica Neue, Helvetica, Arial,
        Lucida Grande, sans-serif;font-size:16px">
        <div id="yui_3_16_0_1_1417632428051_5117" dir="ltr">Hi Everyone,</div>
        <div id="yui_3_16_0_1_1417632428051_5117" dir="ltr"><br>
        </div>
        <div id="yui_3_16_0_1_1417632428051_5117" dir="ltr">I am having
          a problem of phenix.refine not accepting a pdb file that I
          just finished editing in coot. It is a protein RNA compplex
          where the protein part was built in buccaneer and the RNA
          strand built in nautilus. I assembled the final model by text
          editing the pdb file and adding the RNA part.</div>
        <div id="yui_3_16_0_1_1417632428051_5117" dir="ltr"><br>
        </div>
        <div id="yui_3_16_0_1_1417632428051_5117" dir="ltr">Whenever I
          feed this pdb file into phenix, it comes back with two errors:
          " number of atoms with unknown unbonded energy type symbols:6"
          . "The coot command could not be located"</div>
        <div id="yui_3_16_0_1_1417632428051_5117" dir="ltr"><br>
        </div>
        <div id="yui_3_16_0_1_1417632428051_5117" dir="ltr">Does anyone
          know how to fix this problem?</div>
        <div id="yui_3_16_0_1_1417632428051_5117" dir="ltr"><br>
        </div>
        <div id="yui_3_16_0_1_1417632428051_5117" dir="ltr">I tried
          converting the file into mmcif and feeding it to phenix but
          the same error comes back again.</div>
        <div id="yui_3_16_0_1_1417632428051_5117" dir="ltr"><br>
        </div>
        <div id="yui_3_16_0_1_1417632428051_5117" dir="ltr"><br>
        </div>
        <div id="yui_3_16_0_1_1417632428051_5117" dir="ltr">Thank you
          very much,</div>
        <div id="yui_3_16_0_1_1417632428051_5117" dir="ltr"><br>
        </div>
        <div id="yui_3_16_0_1_1417632428051_5117" dir="ltr">Maher<br>
        </div>
      </div>
    </blockquote>
    <br>
  </body>
</html>