<html>
<head>
<meta http-equiv="Content-Type" content="text/html; charset=us-ascii">
</head>
<body style="word-wrap: break-word; -webkit-nbsp-mode: space; -webkit-line-break: after-white-space; ">
Hi Xiao,
<div><br>
</div>
<div>That all looks normal. &nbsp;If you have processed the data in too low a symmetry (as you deliberately have) then there will be many &quot;pseudo-merohedral&quot; twin possibilities. &nbsp;The key thing here is the lack of translational pseudo-symmetry and the near-perfect
 match of the Wilson moments to a perfect twin. &nbsp;I'd say there is a high probability that this is a nearly-perfectly-twinned crystal.</div>
<div><br>
</div>
<div>All the best,</div>
<div>Tom T</div>
<div><br>
<div>
<div>On Dec 10, 2014, at 3:45 PM, Xiao Lei wrote:</div>
<br class="Apple-interchange-newline">
<blockquote type="cite">
<div dir="ltr">Hi Tom,
<div><br>
</div>
<div>I paste the patterson analysis from the xtriage log file here. This shows no significant pseudotranslation is detected.However in the summary of the log file it gives me some PM (pseudo-merohedral) possiblities.</div>
<div><br>
</div>
<div><br>
</div>
<div>
<div>Patterson analyses</div>
<div>------------------</div>
<div><br>
</div>
<div>&nbsp;Largest Patterson peak with length larger than 15 Angstrom&nbsp;</div>
<div><br>
</div>
<div>&nbsp;Frac. coord. &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp;: &nbsp; &nbsp;0.269 &nbsp; -0.000 &nbsp; -0.001</div>
<div>&nbsp;Distance to origin &nbsp;: &nbsp; 18.194</div>
<div>&nbsp;Height (origin=100) : &nbsp; &nbsp;2.560</div>
<div>&nbsp;p_value(height) &nbsp; &nbsp; : &nbsp; &nbsp;1.000e&#43;00</div>
<div><br>
</div>
<div><br>
</div>
<div>&nbsp; &nbsp;The reported p_value has the following meaning:</div>
<div>&nbsp; &nbsp; &nbsp;The probability that a peak of the specified height</div>
<div>&nbsp; &nbsp; &nbsp;or larger is found in a Patterson function of a</div>
<div>&nbsp; &nbsp; &nbsp;macro molecule that does not have any translational</div>
<div>&nbsp; &nbsp; &nbsp;pseudo symmetry is equal to &nbsp;1.000e&#43;00.</div>
<div>&nbsp; &nbsp; &nbsp;p_values smaller than 0.05 might indicate</div>
<div>&nbsp; &nbsp; &nbsp;weak translational pseudo symmetry, or the self vector of</div>
<div>&nbsp; &nbsp; &nbsp;a large anomalous scatterer such as Hg, whereas values</div>
<div>&nbsp; &nbsp; &nbsp;smaller than 1e-3 are a very strong indication for</div>
<div>&nbsp; &nbsp; &nbsp;the presence of translational pseudo symmetry.</div>
<div><br>
</div>
</div>
<div>
<div><br>
</div>
<div>Patterson analyses</div>
<div>&nbsp; - Largest peak height &nbsp; : 2.560</div>
<div>&nbsp; &nbsp;(corresponding p value : 1.00000)</div>
<div><br>
</div>
<div><br>
</div>
<div>The largest off-origin peak in the Patterson function is 2.56% of the&nbsp;</div>
<div>height of the origin peak. No significant pseudotranslation is detected.</div>
</div>
<div><br>
</div>
<div><br>
</div>
<div>
<div>-------------------------------------------------------------------------------</div>
<div>Twinning and intensity statistics summary (acentric data):</div>
<div><br>
</div>
<div>Statistics independent of twin laws</div>
<div>&nbsp; &lt;I^2&gt;/&lt;I&gt;^2 : 1.554 &nbsp;(untwinned: 2.0, perfect twin: 1.5)</div>
<div>&nbsp; &lt;F&gt;^2/&lt;F^2&gt; : 0.878 &nbsp;(untwinned: 0.785, perfect twin: 0.885)</div>
<div>&nbsp; &lt;|E^2-1|&gt; &nbsp; : 0.557 &nbsp;(untwinned: 0.736, perfect twin: 0.541)</div>
<div>&nbsp; &lt;|L|&gt;, &lt;L^2&gt;: 0.375, 0.199</div>
<div>&nbsp; Multivariate Z score L-test: 11.683</div>
<div><br>
</div>
<div>&nbsp;The multivariate Z score is a quality measure of the given</div>
<div>&nbsp;spread in intensities. Good to reasonable data are expected</div>
<div>&nbsp;to have a Z score lower than 3.5.</div>
<div>&nbsp;Large values can indicate twinning, but small values do not</div>
<div>&nbsp;necessarily exclude it.</div>
<div><br>
</div>
<div><br>
</div>
<div><br>
</div>
<div>Statistics depending on twin laws</div>
<div>------------------------------------------------------------------</div>
<div>| Operator &nbsp;| type | R obs. | Britton alpha | H alpha | ML alpha |</div>
<div>------------------------------------------------------------------</div>
<div>| h,-l,k&#43;l &nbsp;| &nbsp;PM &nbsp;| 0.359 &nbsp;| 0.127 &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; | 0.118 &nbsp; | 0.022 &nbsp; &nbsp;|</div>
<div>| h,k&#43;l,-k &nbsp;| &nbsp;PM &nbsp;| 0.359 &nbsp;| 0.127 &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; | 0.118 &nbsp; | 0.022 &nbsp; &nbsp;|</div>
<div>| h,-k-l,k &nbsp;| &nbsp;PM &nbsp;| 0.074 &nbsp;| 0.428 &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; | 0.429 &nbsp; | 0.435 &nbsp; &nbsp;|</div>
<div>| h,l,-k-l &nbsp;| &nbsp;PM &nbsp;| 0.074 &nbsp;| 0.428 &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; | 0.429 &nbsp; | 0.435 &nbsp; &nbsp;|</div>
<div>| h,-k,-l &nbsp; | &nbsp;PM &nbsp;| 0.370 &nbsp;| 0.117 &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; | 0.118 &nbsp; | 0.022 &nbsp; &nbsp;|</div>
<div>| -h,k,-k-l | &nbsp;PM &nbsp;| 0.361 &nbsp;| 0.124 &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; | 0.118 &nbsp; | 0.022 &nbsp; &nbsp;|</div>
<div>| -h,-k-l,l | &nbsp;PM &nbsp;| 0.362 &nbsp;| 0.127 &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; | 0.118 &nbsp; | 0.022 &nbsp; &nbsp;|</div>
<div>| -h,-l,-k &nbsp;| &nbsp;PM &nbsp;| 0.058 &nbsp;| 0.441 &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; | 0.448 &nbsp; | 0.441 &nbsp; &nbsp;|</div>
<div>| -h,l,k &nbsp; &nbsp;| &nbsp;PM &nbsp;| 0.362 &nbsp;| 0.123 &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; | 0.117 &nbsp; | 0.033 &nbsp; &nbsp;|</div>
<div>| -h,-k,k&#43;l | &nbsp;PM &nbsp;| 0.075 &nbsp;| 0.427 &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; | 0.428 &nbsp; | 0.452 &nbsp; &nbsp;|</div>
<div>| -h,k&#43;l,-l | &nbsp;PM &nbsp;| 0.077 &nbsp;| 0.425 &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; | 0.427 &nbsp; | 0.418 &nbsp; &nbsp;|</div>
<div>------------------------------------------------------------------</div>
</div>
<div><br>
</div>
<div>Xiao</div>
<div class="gmail_extra"><br>
<div class="gmail_quote">On Wed, Dec 10, 2014 at 2:17 PM, Terwilliger, Thomas Charles
<span dir="ltr">&lt;<a href="mailto:terwilliger@lanl.gov" target="_blank">terwilliger@lanl.gov</a>&gt;</span> wrote:<br>
<blockquote class="gmail_quote" style="margin:0px 0px 0px 0.8ex;border-left-width:1px;border-left-color:rgb(204,204,204);border-left-style:solid;padding-left:1ex">
<div style="word-wrap:break-word">Hi Xiao,
<div>Yes, that is pretty convincing.&nbsp; One more thing to check: &nbsp;In your xtriage output what does it say about Patterson peaks? (Is there any translational pseudo-symmetry?) &nbsp;If not...you're probably done, yes it is nearly perfectly twinned.</div>
<span class="">
<div>All the best,</div>
<div>Tom T</div>
</span>
<div>
<div class="h5">
<div><br>
<div>
<div>On Dec 10, 2014, at 3:13 PM, Xiao Lei wrote:</div>
<br>
<blockquote type="cite">
<div dir="ltr">
<div>Hi Tom,</div>
<div><br>
</div>
<div>Thank you very much for your advice, I just tried Xtriage analysis of the data scaled as P1, the Wilson moment is 1.554, this result shows that the dataset is nearly perfect twinned.</div>
<div><br>
</div>
<div>I paste the part of the log file of xtriage below.</div>
<div><br>
</div>
<div><br>
</div>
<div>Analyses of the absences table indicates a number of likely space group</div>
<div>candidates, which are listed below. For each space group, the number of</div>
<div>absent violations are listed under the '&#43;&#43;&#43;' column. The number of present</div>
<div>violations (weak reflections) are listed under '---'. The last column is a</div>
<div>likelihood based score for the particular space group.&nbsp; Note that</div>
<div>enantiomorphic spacegroups will have equal scores. Also, if absences were</div>
<div>removed while processing the data, they will be regarded as missing</div>
<div>information, rather then as enforcing that absence in the space group choices.</div>
<div><br>
</div>
<div><br>
</div>
<div>-----------------------------------------------------------------------------------</div>
<div>| space group | n absent | &lt;Z&gt;_absent | &lt;Z/sigZ&gt;_absent | &#43;&#43;&#43; | --- | score &nbsp; &nbsp; &nbsp; |</div>
<div>-----------------------------------------------------------------------------------</div>
<div>| P 1 &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; | 0 &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp;| &nbsp; &nbsp; 0.00 &nbsp; | &nbsp; &nbsp; 0.00 &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp;| &nbsp;0 &nbsp;| &nbsp;0 &nbsp;| &nbsp;0.000e&#43;00 &nbsp;|</div>
<div>-----------------------------------------------------------------------------------</div>
<div><br>
</div>
<div><br>
</div>
<div><br>
</div>
<div><br>
</div>
<div>Wilson ratio and moments&nbsp;</div>
<div><br>
</div>
<div>Acentric reflections&nbsp;</div>
<div>&nbsp; &nbsp;&lt;I^2&gt;/&lt;I&gt;^2 &nbsp; &nbsp;:1.554 &nbsp; (untwinned: 2.000; perfect twin 1.500)</div>
<div>&nbsp; &nbsp;&lt;F&gt;^2/&lt;F^2&gt; &nbsp; &nbsp;:0.878 &nbsp; (untwinned: 0.785; perfect twin 0.885)</div>
<div>&nbsp; &nbsp;&lt;|E^2 - 1|&gt; &nbsp; &nbsp;:0.557 &nbsp; (untwinned: 0.736; perfect twin 0.541)</div>
<div><br>
</div>
<div>Xiao</div>
</div>
<div class="gmail_extra"><br>
<div class="gmail_quote">On Wed, Dec 10, 2014 at 1:24 PM, Terwilliger, Thomas Charles
<span dir="ltr">&lt;<a href="mailto:terwilliger@lanl.gov" target="_blank">terwilliger@lanl.gov</a>&gt;</span> wrote:<br>
<blockquote class="gmail_quote" style="margin:0px 0px 0px 0.8ex;border-left-width:1px;border-left-color:rgb(204,204,204);border-left-style:solid;padding-left:1ex">
Hi Xiao,<br>
<br>
Here are some things to check before concluding whether the data are twinned:<br>
<br>
1. What are the Wilson moments (2 for untwinned 1.5 for perfect twin)?<br>
<br>
2. Is it possible you have the wrong space group?&nbsp; &nbsp;If the data are overmerged then you could get this result.&nbsp; Perhaps your space group is really P31 or something like that?&nbsp; What are your merging statistics? Try an analysis with data in lower-symmetry space
 groups&nbsp; (you can always get the Wilson moments in P1 and that will often be a good indicator).<br>
<br>
All the best,<br>
Tom T<br>
<div>
<div><br>
On Dec 10, 2014, at 1:37 PM, Xiao Lei wrote:<br>
<br>
&gt; Dear All,<br>
&gt;<br>
&gt; I have a x-ray dataset of a protein-DNA complex to 2.8 A resolution with space group P312 checked by phenix xtriage for twinning. The estimated twin fraction from the output of xtriage is: 0.115 (Britton analysis); 0.119 (H test) and 0.022 (maximum likelihood
 method). However, the L-test graph in xtriage shows my observed data almost perfectly overlay with theoretical perfect twin data. In addition, when I tried to use phenix to do refinement with twin law -h,-k,l, the log file shows my twin fraction estimation
 is 0.49, which is very high and much bigger than Britton analysis and H test estimation.<br>
&gt;<br>
&gt; As far as my understanding is that if a twin fraction is lower than 15%, I still have hope to solve the structure (molecular replacement in this case) with reasonable R value, but if the twin fraction is 0.49, which is almost a perfect twin, which makes detwin
 impossible and refinement will stall at high R values (in my case, R free start: 0.4199; R work start: 0.4121;&nbsp; and R free final:&nbsp; 0.4038 and R work final: 0.3640 after running phenix refinement with twin law -h, -k, l).<br>
&gt;<br>
&gt; My question:&nbsp; which twin fraction estimation is more reliable? is my data almost perfectly twined?<br>
&gt;<br>
&gt; I attached the graphs of L test, Britton analysis and twin estimation from phenix xtriage and part of log file from phenix refine here.<br>
&gt;<br>
&gt; Many thanks in advance.<br>
&gt;<br>
&gt; Xiao<br>
</div>
</div>
&gt; &lt;p312_phenix_refine.png&gt;&lt;P312_estimated twin_fraction.png&gt;&lt;P312_Britton_plot.pdf&gt;&lt;P312_Ltest.png&gt;_______________________________________________<br>
&gt; phenixbb mailing list<br>
&gt; <a href="mailto:phenixbb@phenix-online.org" target="_blank">phenixbb@phenix-online.org</a><br>
&gt; <a href="http://phenix-online.org/mailman/listinfo/phenixbb" target="_blank">http://phenix-online.org/mailman/listinfo/phenixbb</a><br>
<br>
</blockquote>
</div>
<br>
</div>
</blockquote>
</div>
<br>
</div>
</div>
</div>
</div>
</blockquote>
</div>
<br>
</div>
</div>
</blockquote>
</div>
<br>
</div>
</body>
</html>