<html>
  <head>
    <meta content="text/html; charset=UTF-8" http-equiv="Content-Type">
  </head>
  <body bgcolor="#FFFFFF" text="#000000">
    Hi Xiang,<br>
    <br>
    phenix.angle computes angle between two lines. Lines can be define
    two ways:<br>
    <br>
    - by two pairs of points with each pair defining two points that
    line passes through:<br>
    <br>
    phenix.angle model.pdb "chain A and (resseq 1 and name CA or resseq
    2 and name CA)" "chain B and (resseq 1 and name CA or resseq 2 and
    name CA)"<br>
    <br>
    here atom selection<br>
    "chain A and (resseq 1 and name CA or resseq 2 and name CA)"<br>
    defines two points, and atom selection<br>
    "chain B and (resseq 1 and name CA or resseq 2 and name CA)"<br>
    defines another two points.<br>
    <br>
    - or alternatively you specify two sets of points (for example two
    helices) and the program will output the angle between the longest
    principal axes. Example:<br>
    <br>
    phenix.angle model.pdb "chain A" "chain B"<br>
    <br>
    here "chain A" defines first helix, and "chain B" defines second
    helix.<br>
    <br>
    Pavel<br>
    <br>
    <div class="moz-cite-prefix">On 12/16/14 6:58 AM, 李翔 wrote:<br>
    </div>
    <blockquote
cite="mid:CAE5L1v8MFEF_3SRgDkLhLCH3sG-jbepSaVj6aYAmRPz=YDPDCA@mail.gmail.com"
      type="cite">
      <div dir="ltr">Hi,
        <div><br>
        </div>
        <div>I am trying to measure the angle between two DNA duplex
          domains. I used phenix.angle command for calculation. However,
          I get a wrong answer. Can anyone talk a little bit more
          details on this command please? I used a single strand DNA
          from each duplex to calculate the angle which I thought it
          might be working since it is calculating the axis.</div>
        <div><br>
        </div>
        <div>Thanks for your help!</div>
        <div><br>
        </div>
        <div>Sincerely,</div>
        <div>Xiang<br>
          -- <br>
          <div class="gmail_signature">Li Xiang <br>
            Department of chemistry,<br>
            Purdue University<br>
            Email:<a moz-do-not-send="true"
              href="mailto:lixiang1642@gmail.com">lixiang1642@gmail.com</a></div>
        </div>
      </div>
      <br>
      <fieldset class="mimeAttachmentHeader"></fieldset>
      <br>
      <pre wrap="">_______________________________________________
phenixbb mailing list
<a class="moz-txt-link-abbreviated" href="mailto:phenixbb@phenix-online.org">phenixbb@phenix-online.org</a>
<a class="moz-txt-link-freetext" href="http://phenix-online.org/mailman/listinfo/phenixbb">http://phenix-online.org/mailman/listinfo/phenixbb</a>
</pre>
    </blockquote>
    <br>
  </body>
</html>