<div dir="ltr">Dear Phenix Users,<div><br><div class="gmail_extra">How do I force some residues in a non-helix conformation?</div><div class="gmail_extra"><br></div><div class="gmail_extra">I have a 3A data, and have the protein model refined. But in some region, 3~4 residues are in the helix conformation, and the density fit is good. Anyway, let me say this, I want to force these residues in a non-helix conformation.¬†</div><div class="gmail_extra"><br></div><div class="gmail_extra">I tweaked the model a little bit and load them in VMD, and make sure they are not helix anymore.</div><div class="gmail_extra"><br></div><div class="gmail_extra">I turn on secondary-structure-restraint in phenix, take out the helix remarks for these residues in the def file. but once the refinement is done, they are still in a helix region (phenix automatically secondary structure analysis, or viewed in VMD).</div><div class="gmail_extra"><br></div><div class="gmail_extra">Is there a feasible way to keep them away from helix conformation?</div><div class="gmail_extra"><br></div><div class="gmail_extra">Thanks!</div><div class="gmail_extra"><br></div><div class="gmail_extra">Charles¬†<br><br clear="all"><div><br></div>-- <br><div class="gmail_signature">







<p></p><p>***************************************************</p><p>Charles Chen</p><p>Research Associate</p><p>University of Pittsburgh School of Medicine</p><p>Department of Anesthesiology</p><p>******************************************************</p><p></p></div>
</div></div></div>