<div dir="ltr">On Tue, Jan 6, 2015 at 4:01 PM, Shun Liu <span dir="ltr">&lt;<a href="mailto:sliu.xtal@gmail.com" target="_blank">sliu.xtal@gmail.com</a>&gt;</span> wrote:<br><div class="gmail_extra"><div class="gmail_quote"><blockquote class="gmail_quote" style="margin:0 0 0 .8ex;border-left:1px #ccc solid;padding-left:1ex"><div style="word-wrap:break-word">It works! Thank you so much for this! I hope that in the future an installation package including all these softwares can be available for GUI users and when a new version of one software is available, what we need to do is only to click the mouse to update it. Thank you again.</div></blockquote></div><br></div><div class="gmail_extra">Most of these programs are under restrictive licenses which limit their distribution.  (Coot is the big exception, but it&#39;s also even messier to build than Phenix.)  If you want an integrated solution, I urge you to look into joining SBGrid, which takes care of all building/installation issues and will automatically push out updates as they become available.  (This is done on a per-lab basis but I have also seen individual laptops set up as SBgrid clients.)  The disadvantages are (1) it costs money, and (2) it may not always update as quickly as you&#39;d like - looks like they haven&#39;t switched to CCP4 6.5 yet but I assume this is what happens when you release software right before Christmas.  But I think it is a huge improvement over the old system where random grad students got stuck handling system administration and arcane software.  It has certainly simplified Phenix support, especially where Rosetta integration is concerned.</div><div class="gmail_extra"><br></div><div class="gmail_extra">(In any case, I have modified the script that auto-detects Coot installations so that it will also check for CCP4 installations on Mac - and pick the newest one containing Coot - so you won&#39;t have to enter this in the preferences any more.)</div><div class="gmail_extra"><br></div><div class="gmail_extra">Just be glad you&#39;re doing crystallography and not next-gen sequencing - programs like Phenix/CCP4/Coot are vastly simpler to install and use, and there&#39;s much less fragmentation of developer efforts (especially since everyone has standardized on Coot for interactive model-building).</div><div class="gmail_extra"><br></div><div class="gmail_extra">-Nat</div></div>