<html>
  <head>
    <meta content="text/html; charset=windows-1252"
      http-equiv="Content-Type">
  </head>
  <body bgcolor="#FFFFFF" text="#000000">
    <br>
    <blockquote
cite="mid:875931344.523888.1420990260108.JavaMail.yahoo@jws106102.mail.bf1.yahoo.com"
      type="cite">
      <div style="color:#000; background-color:#fff; font-family:times
        new roman, new york, times, serif;font-size:16px">
        <div id="yui_3_16_0_1_1420691632447_454157" dir="ltr">1- after
          getting structure refined with phenix.refine to �0.145 , 0.164
          Rw/Rf. and then you feel happy with that.�</div>
        <div id="yui_3_16_0_1_1420691632447_454157" dir="ltr">then after
          using validation server from PDB you get�0.158 , 0.181 Rw/Rf.
          why this big jump for R free. why phenix.refine giving us low
          R free where in reality is not?</div>
      </div>
    </blockquote>
    <br>
    I would guess something happened to the model file.<br>
    Can you reproduce R-factors yourself? Take data file and model that
    you sent to PDB, and use either of availbale tools in Phenix to
    compute R-factors:<br>
    <br>
    phenix.model_vs_data model.pdb data.mtz <br>
    or<br>
    phenix.refine model.pdb data.mtz strategy=none
    main.number_of_macro_cycles=1<br>
    <br>
    Do you get the same R-factors?<br>
    <br>
    <blockquote
cite="mid:875931344.523888.1420990260108.JavaMail.yahoo@jws106102.mail.bf1.yahoo.com"
      type="cite">
      <div style="color:#000; background-color:#fff; font-family:times
        new roman, new york, times, serif;font-size:16px">
        <div id="yui_3_16_0_1_1420691632447_454157" dir="ltr">2- if i
          want to show kick map for metal binding site for publication,
          which map and how could i generate it.<br>
        </div>
      </div>
    </blockquote>
    <br>
    Use FEM instead:<br>
    <br>
    phenix.fem model.pdb data.mtz<br>
    <br>
    There is option in the GUI too. More information<br>
    <a class="moz-txt-link-freetext" href="http://phenix-online.org/presentations/fem_06MAY2014.pdf">http://phenix-online.org/presentations/fem_06MAY2014.pdf</a><br>
    <br>
    Pavel<br>
  </body>
</html>