<html>
  <head>
    <meta content="text/html; charset=utf-8" http-equiv="Content-Type">
  </head>
  <body bgcolor="#FFFFFF" text="#000000">
    George,<br>
    <br>
    it's difficult to tell without looking at models before and after
    modifications, and data. Did refinement converge (do you need to run
    more cycles)? Are weights optimal? etc etc...<br>
    <br>
    Pavel<br>
    <br>
    <br>
    <div class="moz-cite-prefix">On 1/12/15 1:10 PM, George Devaniranjan
      wrote:<br>
    </div>
    <blockquote
cite="mid:CAFU65PfJTTz2todhKK8hTqjXQCprNFfzX5iS0PLAiEkerRCxDQ@mail.gmail.com"
      type="cite">
      <div dir="ltr">I have a related question to this.
        <div><br>
        </div>
        <div>I have a PDB structure (not mine I downloaded it from RCSB)
          and wondered if I could improve some of the problems in it
          using Phenix. </div>
        <div><br>
        </div>
        <div>The Rw/R-free for the downloaded structure was
          0.1279/0.1390</div>
        <div><br>
        </div>
        <div>After I improved (or so I think so) the Rw/R-free is
          0.1326/0.1440</div>
        <div><br>
        </div>
        <div>The structure I have seems better in many aspects including
          its fit to the map (COOT/RSCC) + RMS Angles </div>
        <div><br>
        </div>
        <div>I am a little confused whether to accept it or think I
          might have to do more validation checks as something has gone
          wrong?</div>
        <div><br>
        </div>
        <div>Thank you,</div>
        <div>George</div>
        <div><br>
        </div>
      </div>
      <div class="gmail_extra"><br>
        <div class="gmail_quote">On Mon, Jan 12, 2015 at 4:01 PM, Pavel
          Afonine <span dir="ltr">&lt;<a moz-do-not-send="true"
              href="mailto:pafonine@lbl.gov" target="_blank">pafonine@lbl.gov</a>&gt;</span>
          wrote:<br>
          <blockquote class="gmail_quote" style="margin:0 0 0
            .8ex;border-left:1px #ccc solid;padding-left:1ex">
            <div bgcolor="#FFFFFF" text="#000000"> Hi Tim,<br>
              <br>
              it is a shame that I can't remember that particular paper
              where I think Randy Read or Axel Brunger have demonstrated
              that phase error and Rfree are well correlated. So if you
              get best Rwork and Rfree chances are you also get best map
              too.<br>
              <br>
              All the best,<br>
              Pavel
              <div>
                <div class="h5"><br>
                  <br>
                  <div>On 1/12/15 3:54 AM, Tim Gruene wrote:<br>
                  </div>
                  <blockquote type="cite">
                    <pre>Dear George,

what are the reasons why are you trying to reduce the R/Rfree instead of
producing the best possible map?

Best,
Tim

On 01/11/2015 11:24 PM, George D wrote:
</pre>
                    <blockquote type="cite">
                      <pre>Hi Phenix users,

I was looking at the phenix-refine manual and it mentions running

optimize_mask=true

optimize_xyz_weight=true

optimize_adp_weight=true


I was wondering what else I could try to bring the Rw/Rf down by 1-2%
if possible, just wondering if there are any other strategies I could
try.


Thank you,

George



_______________________________________________
phenixbb mailing list
<a moz-do-not-send="true" href="mailto:phenixbb@phenix-online.org" target="_blank">phenixbb@phenix-online.org</a>
<a moz-do-not-send="true" href="http://phenix-online.org/mailman/listinfo/phenixbb" target="_blank">http://phenix-online.org/mailman/listinfo/phenixbb</a>

</pre>
                    </blockquote>
                    <br>
                    <fieldset></fieldset>
                    <br>
                    <pre>_______________________________________________
phenixbb mailing list
<a moz-do-not-send="true" href="mailto:phenixbb@phenix-online.org" target="_blank">phenixbb@phenix-online.org</a>
<a moz-do-not-send="true" href="http://phenix-online.org/mailman/listinfo/phenixbb" target="_blank">http://phenix-online.org/mailman/listinfo/phenixbb</a>
</pre>
                  </blockquote>
                  <br>
                </div>
              </div>
            </div>
            <br>
            _______________________________________________<br>
            phenixbb mailing list<br>
            <a moz-do-not-send="true"
              href="mailto:phenixbb@phenix-online.org">phenixbb@phenix-online.org</a><br>
            <a moz-do-not-send="true"
              href="http://phenix-online.org/mailman/listinfo/phenixbb"
              target="_blank">http://phenix-online.org/mailman/listinfo/phenixbb</a><br>
            <br>
          </blockquote>
        </div>
        <br>
      </div>
    </blockquote>
    <br>
  </body>
</html>