<div dir="ltr">Please send me the inputs off-list and I will take a look.  I suspect the problem is that the &quot;original MTZ&quot; isn&#39;t really the appropriate file - there is a weird corner case where the output of Aimless (I think) is recognized as &quot;unmerged&quot; even though nearly all reflections are unique.  This could explain the weird statistics, in which case my recommendation would be to re-run the scaling exactly as before but also directing Aimless to output the unmerged reflections as a Scalepack file.  (Or, in the future, if you process your data with xia2 it will do this automatically, but I don&#39;t think you need to re-process these data to get what you need.)<div><br></div><div>(Actually, I don&#39;t even need to see the file itself - you could just run phenix.merging_statstics on the MTZ file and send me the result.)</div></div><div class="gmail_extra"><br><div class="gmail_quote">On Sat, Jan 17, 2015 at 8:40 PM, SD Y <span dir="ltr">&lt;<a href="mailto:ccp4_sc@hotmail.com" target="_blank">ccp4_sc@hotmail.com</a>&gt;</span> wrote:<br><blockquote class="gmail_quote" style="margin:0 0 0 .8ex;border-left:1px #ccc solid;padding-left:1ex">


<div><div dir="ltr"><br><br><div><hr>From: <a href="mailto:ccp4_sc@hotmail.com" target="_blank">ccp4_sc@hotmail.com</a><br>To: <a href="mailto:phenixbb-request@phenix-online.org" target="_blank">phenixbb-request@phenix-online.org</a><br>Subject: question regarding Table1<br>Date: Fri, 16 Jan 2015 20:30:47 -0600<br><br>


<div dir="ltr">Hi Everyone,<div><br></div><div>I used phenix refined pdb, mtz and original mtz in the latest version of phenix  to generate Table 1 and I felt the following was not right. I am not sure of  the reason.</div><div><br></div><div><table border="1" cellspacing="0" cellpadding="0" style="border-collapse:collapse;border:none">
 <tbody><tr>
  <td width="210" valign="top" style="width:157.5pt;border:solid windowtext 1.0pt;padding:0in 5.4pt 0in 5.4pt">
  <p><b><span lang="EN-AU" style="font-family:&quot;Times New Roman&quot;,&quot;serif&quot;">R-merge</span></b></p>
  </td>
  <td width="276" valign="top" style="width:207.0pt;border:solid windowtext 1.0pt;border-left:none;padding:0in 5.4pt 0in 5.4pt">
  <p><span lang="EN-AU" style="font-family:&quot;Times New Roman&quot;,&quot;serif&quot;">1.193e-17 (1.036e-17)</span></p>
  </td>
 </tr>
 <tr>
  <td width="210" valign="top" style="width:157.5pt;border:solid windowtext 1.0pt;border-top:none;padding:0in 5.4pt 0in 5.4pt">
  <p><b><span lang="EN-AU" style="font-family:&quot;Times New Roman&quot;,&quot;serif&quot;">R-meas</span></b></p>
  </td>
  <td width="276" valign="top" style="width:207.0pt;border-top:none;border-left:none;border-bottom:solid windowtext 1.0pt;border-right:solid windowtext 1.0pt;padding:0in 5.4pt 0in 5.4pt">
  <p><span style="font-family:&quot;Times New Roman&quot;,&quot;serif&quot;">1.688e-17</span><span lang="EN-AU" style="font-family:&quot;Times New Roman&quot;,&quot;serif&quot;"></span></p>
  </td>
 </tr>
 <tr>
  <td width="210" valign="top" style="width:157.5pt;border:solid windowtext 1.0pt;border-top:none;padding:0in 5.4pt 0in 5.4pt">
  <p><b><span lang="EN-AU" style="font-family:&quot;Times New Roman&quot;,&quot;serif&quot;">CC1/2</span></b></p>
  </td>
  <td width="276" valign="top" style="width:207.0pt;border-top:none;border-left:none;border-bottom:solid windowtext 1.0pt;border-right:solid windowtext 1.0pt;padding:0in 5.4pt 0in 5.4pt">
  <p><span style="font-family:&quot;Times New Roman&quot;,&quot;serif&quot;">1 (1)</span><span lang="EN-AU" style="font-family:&quot;Times New Roman&quot;,&quot;serif&quot;"></span></p>
  </td>
 </tr>
 <tr>
  <td width="210" valign="top" style="width:157.5pt;border:solid windowtext 1.0pt;border-top:none;padding:0in 5.4pt 0in 5.4pt">
  <p><b><span lang="EN-AU" style="font-family:&quot;Times New Roman&quot;,&quot;serif&quot;">CC*</span></b></p>
  </td>
  <td width="276" valign="top" style="width:207.0pt;border-top:none;border-left:none;border-bottom:solid windowtext 1.0pt;border-right:solid windowtext 1.0pt;padding:0in 5.4pt 0in 5.4pt">
  <p><span style="font-family:&quot;Times New Roman&quot;,&quot;serif&quot;">1 (1)</span><span lang="EN-AU" style="font-family:&quot;Times New Roman&quot;,&quot;serif&quot;"></span></p>
  </td>
 </tr>
</tbody></table><br></div><div>Let me know . I appreciate your comments.</div><div><br></div><div>Regards,</div><div>SDY</div><div><br></div><div><br></div>                                               </div></div>                                               </div></div>
<br>_______________________________________________<br>
phenixbb mailing list<br>
<a href="mailto:phenixbb@phenix-online.org">phenixbb@phenix-online.org</a><br>
<a href="http://phenix-online.org/mailman/listinfo/phenixbb" target="_blank">http://phenix-online.org/mailman/listinfo/phenixbb</a><br>
<br></blockquote></div><br></div>