<html dir="ltr">
<head>
<meta http-equiv="Content-Type" content="text/html; charset=iso-8859-1">
<style type="text/css" id="owaParaStyle"></style>
</head>
<body fpstyle="1" ocsi="0">
<div style="direction: ltr;font-family: Tahoma;color: #000000;font-size: 10pt;">Hi Almudena,
<div><br>
</div>
<div>I think we would need to know what the model and map look like before refinement. &nbsp;I am guessing that perhaps the result from autosol was in itself not good, and then refinement could not do anything with it? &nbsp;If instead the autosol result was good (a
 clear map, a model that looks like you expect) then this is indeed very surprising and we'd be more than happy to try and figure out what is going on.</div>
<div><br>
</div>
<div>All the best,</div>
<div>Tom T</div>
<div><br>
<div style="font-family: Times New Roman; color: #000000; font-size: 16px">
<hr tabindex="-1">
<div id="divRpF430158" style="direction: ltr;"><font face="Tahoma" size="2" color="#000000"><b>From:</b> phenixbb-bounces@phenix-online.org [phenixbb-bounces@phenix-online.org] on behalf of Almudena Ponce Salvatierra [maps.farma@gmail.com]<br>
<b>Sent:</b> Saturday, January 24, 2015 1:08 AM<br>
<b>To:</b> phenixbb@phenix-online.org<br>
<b>Subject:</b> [phenixbb] Problem during refinement<br>
</font><br>
</div>
<div></div>
<div>Dear all,
<div><br>
</div>
<div>I have partially rebuilt my model after autosol and now I would like to submit it for refinement to Phenix refine.</div>
<div><br>
</div>
<div>However when I do so, even though the R factors go down when I have a look at the result, it just looks awful! All the model is placed out of the electron density map, plus the electron density map doesn't look anymore like a 3 A one, but just like sausages.</div>
<div><br>
</div>
<div>Why is this happening? The truth is I have no idea...</div>
<div><br>
</div>
<div>What I do is to provide Phenix refine with overall_best_refine_data.mtz (coming from autosol) as phases, x Ray data and x Ray r free data. Additionally, the starting model and the sequence.</div>
<div><br>
</div>
<div>Any suggestions are more than welcome.</div>
<div><br>
</div>
<div>Thanks a lot in advance.</div>
<div><br>
</div>
<div>Best wishes,</div>
<div><br>
</div>
<div>Almudena<br>
<br>
</div>
<br>
<br>
-- <br>
<div dir="ltr">Almudena Ponce-Salvatierra
<div>Macromolecular crystallography and Nucleic acid chemistry</div>
<div>Max Planck Institute for Biophysical Chemistry</div>
<div>Am Fassberg 11 37077 Göttingen</div>
<div>Germany</div>
<div><br>
</div>
</div>
<br>
</div>
</div>
</div>
</div>
</body>
</html>