<html dir="ltr">
<head>
<meta http-equiv="Content-Type" content="text/html; charset=iso-8859-1">
<style type="text/css" id="owaParaStyle"></style>
</head>
<body fpstyle="1" ocsi="0">
<div style="direction: ltr;font-family: Tahoma;color: #000000;font-size: 10pt;">Hi Scott,
<div>Yes, I think that phenix.cut_out_density should do something close to what you need, if you specify the same box and padding for each case. &nbsp;The output of cut_out_density is a set of map coefficients in a P1 cell; you then would need to just create a map
 of the whole &quot;unit cell&quot; from those coefficients.</div>
<div>All the best,</div>
<div>Tom T<br>
<div style="font-family: Times New Roman; color: #000000; font-size: 16px">
<hr tabindex="-1">
<div id="divRpF505685" style="direction: ltr;"><font face="Tahoma" size="2" color="#000000"><b>From:</b> phenixbb-bounces@phenix-online.org [phenixbb-bounces@phenix-online.org] on behalf of Scott Horowitz [horowsah@umich.edu]<br>
<b>Sent:</b> Tuesday, February 03, 2015 8:09 AM<br>
<b>To:</b> PHENIX user mailing list<br>
<b>Subject:</b> Re: [phenixbb] generating xplor map of specific size<br>
</font><br>
</div>
<div></div>
<div>
<div dir="ltr">This may be answering my own question: should cut_out_density do this if I make the original map bigger than necessary and then pare it down?
<div><br>
</div>
<div>Scott</div>
</div>
<div class="gmail_extra"><br>
<div class="gmail_quote">On Tue, Feb 3, 2015 at 9:48 AM, Scott Horowitz <span dir="ltr">
&lt;<a href="mailto:horowsah@umich.edu" target="_blank">horowsah@umich.edu</a>&gt;</span> wrote:<br>
<blockquote class="gmail_quote" style="margin:0 0 0 .8ex; border-left:1px #ccc solid; padding-left:1ex">
<div dir="ltr">Hi all,
<div><br>
</div>
<div>Sorry for yet another map question: what I'd like to do is be able to generate xplor maps with an explicitly defined size and shape from the command line using phenix. Just choosing a buffer around a selection will result in slightly different sizes for
 different PDB files, which I'd like to avoid. In my comparisons, having exactly the same dimensions and centering for maps I'm calculating from multiple slightly different variants would be very helpful. Is there a way to do this?</div>
<div><br>
</div>
<div>Thanks,</div>
<div>Scott</div>
<span class="HOEnZb"><font color="#888888">
<div>
<div><br>
</div>
-- <br>
<div>
<div dir="ltr"><span><font color="#888888">
<div dir="ltr">
<div style="font-family:Helvetica; word-wrap:break-word"><font>Scott Horowitz, Ph.D.<br>
</font></div>
<div style="font-family:Helvetica; word-wrap:break-word"><font>Research Associate</font></div>
<div style="font-family:Helvetica; word-wrap:break-word"><font>Howard Hughes Medical Institute</font></div>
<div style="font-family:Helvetica; word-wrap:break-word"><font><br>
University of Michigan<br>
Department of Molecular, Cellular, and&nbsp;Developmental Biology<br>
Bardwell lab<br>
830 N. University Ave, Room 4007<br>
Ann Arbor, MI 48109<br>
phone:&nbsp;<a value="&#43;17346476683" style="color:rgb(17,85,204)">734-647-6683</a><br>
fax:&nbsp;<a value="&#43;17346154226" style="color:rgb(17,85,204)">734-615-4226</a></font></div>
</div>
</font></span></div>
</div>
</div>
</font></span></div>
</blockquote>
</div>
<br>
<br clear="all">
<div><br>
</div>
-- <br>
<div class="gmail_signature">
<div dir="ltr"><span><font color="#888888">
<div dir="ltr">
<div style="font-family:Helvetica; word-wrap:break-word"><font>Scott Horowitz, Ph.D.<br>
</font></div>
<div style="font-family:Helvetica; word-wrap:break-word"><font>Research Associate</font></div>
<div style="font-family:Helvetica; word-wrap:break-word"><font>Howard Hughes Medical Institute</font></div>
<div style="font-family:Helvetica; word-wrap:break-word"><font><br>
University of Michigan<br>
Department of Molecular, Cellular, and&nbsp;Developmental Biology<br>
Bardwell lab<br>
830 N. University Ave, Room 4007<br>
Ann Arbor, MI 48109<br>
phone:&nbsp;<a value="&#43;17346476683" style="color:rgb(17,85,204)">734-647-6683</a><br>
fax:&nbsp;<a value="&#43;17346154226" style="color:rgb(17,85,204)">734-615-4226</a></font></div>
</div>
</font></span></div>
</div>
</div>
</div>
</div>
</div>
</div>
</body>
</html>