<html>
  <head>
    <meta content="text/html; charset=windows-1252"
      http-equiv="Content-Type">
  </head>
  <body bgcolor="#FFFFFF" text="#000000">
    Hello,<br>
    <br>
    <blockquote cite="mid:D0FA7440.1214%25gzhu@hwi.buffalo.edu"
      type="cite">
      <meta http-equiv="Content-Type" content="text/html;
        charset=windows-1252">
      <div>I have a data set for refinement at 3.8A (outshell I/sigma
        ~1.0). When I processed the data, I kept anomalous data I+/I-.
        Because at that time I think I might have anomalous signal. But
        later I found that the protein coordinated with wrong metal, so
        I don�t really have anomalous scatters. I have good model from
        high resolution data.�</div>
      <div><br>
      </div>
      <div>When I refined the structure, I found that refined against
        I+/I- give lower R/Rfree (23.0%/27.0%) �than against Imean
        (25.1%/28.3%). When I used I+/I-, I knew I doubled
        reflections/parameters ratio. I also let Phenix both X-ray
        stereochemistry/ADP weight. The refined models have similar
        geometry. So should I use I+/I- for refinement since it gives
        lower R factor?<br>
      </div>
    </blockquote>
    <br>
    you cannot compare R-factors calculated using different sets of
    reflections, they are simply not comparable. So 23.0%/27.0% versus
    25.1%/28.3% doesn't really mean anything in this case.<br>
    <br>
    If data set is not anomalous then you can use
    "force_anomalous_flag_to_be_equal_to=False" so that phenix.refine
    uses Fobs_mean = (Fobs(+) - Fobs(-))/2 in refinement.<br>
    <br>
    Pavel<br>
    <br>
  </body>
</html>