<div dir="ltr"><span style="font-size:16px">Hello,</span><div style="font-size:16px"><br></div><div style="font-size:16px">I am running phenix version 1.9-1692. I have restrains for a nitric oxide ligand that I have used previously to refine a heme iron-NO linked structure. I have pasted them below. For some reason. The NO always gets moved a little to far from the iron. Here is a coot screen shot:</div><div style="font-size:16px"><br></div><div style="font-size:16px"><a href="https://www.dropbox.com/s/85c1ad2kecwebij/coot.png?dl=0" target="_blank">https://www.dropbox.com/s/85c1ad2kecwebij/coot.png?dl=0</a></div><div style="font-size:16px">Can someone please help me resolve this issue? Thank you.</div><div style="font-size:16px"><br></div><div style="font-size:16px">-Yarrow</div><div style="font-size:16px"><br></div><div style="font-size:16px">----------------------------------------------------------------------------------</div><div style="font-size:16px"><div>metal edits file:</div><div><br></div><div>refinement.geometry_restraints.edits {</div><div>  bond {</div><div>    action = *add</div><div>    atom_selection_1 = name  FE  and chain A and resname FE and resseq  499</div><div>    atom_selection_2 = name  N   and chain A and resname NMO and resseq  510</div><div>    distance_ideal = 1.75</div><div>    sigma = 0.1</div><div>  }</div><div>}</div><div><br></div><div>refinement.geometry_restraints.edits {</div><div>  angle {</div><div>    action = *add</div><div>    atom_selection_1 = name FE  and chain A and resname FE and resseq  499</div><div>    atom_selection_2 = name N   and chain A and resname NMO  and resseq  510</div><div>    atom_selection_3 = name O   and chain A and resname  NMO  and resseq  510</div><div>    angle_ideal = 160</div><div>    sigma = 5</div><div>  }</div><div>}</div><div><br></div><div>refinement.geometry_restraints.edits {</div><div>  bond {</div><div>    action = *add</div><div>    atom_selection_1 = name  FE  and chain B and resname FE and resseq  499</div><div>    atom_selection_2 = name  N   and chain B and resname NMO and resseq  510</div><div>    distance_ideal = 1.75</div><div>    sigma = 0.1</div><div>  }</div><div>}</div><div><br></div><div>refinement.geometry_restraints.edits {</div><div>  angle {</div><div>    action = *add</div><div>    atom_selection_1 = name FE   and chain B and resname FE and resseq  499</div><div>    atom_selection_2 = name N   and chain B and resname NMO  and resseq  510</div><div>    atom_selection_3 = name O   and chain B and resname NMO  and resseq 510</div><div>    angle_ideal = 160</div><div>    sigma = 5</div><div>  }</div><div>}</div></div><div style="font-size:16px">---------------------------------------------------------------------</div><div style="font-size:16px">CIF file</div><div style="font-size:16px"><br></div><div style="font-size:16px"><div>#</div><div>data_comp_list</div><div>loop_</div><div>_<a href="http://chem_comp.id/" target="_blank">chem_comp.id</a></div><div>_chem_comp.three_letter_code</div><div>_<a href="http://chem_comp.name/" target="_blank">chem_comp.name</a></div><div>_chem_comp.group</div><div>_chem_comp.number_atoms_all</div><div>_chem_comp.number_atoms_nh</div><div>_chem_comp.desc_level</div><div>NMO NMO &quot;nitric oxide             &quot; ligand 2 2 . </div><div>#</div><div>data_comp_NMO</div><div>#</div><div>loop_</div><div>_chem_comp_atom.comp_id</div><div>_chem_comp_atom.atom_id</div><div>_chem_comp_atom.type_symbol</div><div>_chem_comp_atom.type_energy</div><div>_chem_comp_atom.partial_charge</div><div>_chem_comp_atom.x</div><div>_chem_comp_atom.y</div><div>_chem_comp_atom.z</div><div>NMO         N       N   N     .         -0.1324   -0.0924    0.5896</div><div>NMO         O       O   O     .          0.1324    0.0924   -0.5896</div><div>#</div><div>loop_</div><div>_chem_comp_bond.comp_id</div><div>_chem_comp_bond.atom_id_1</div><div>_chem_comp_bond.atom_id_2</div><div>_chem_comp_bond.type</div><div>_chem_comp_bond.value_dist</div><div>_chem_comp_bond.value_dist_esd</div><div>NMO  N       O      double        1.223 0.020</div><div>#</div><div>loop_</div><div>_chem_comp_plane_atom.comp_id</div><div>_chem_comp_plane_atom.plane_id</div><div>_chem_comp_plane_atom.atom_id</div><div>_chem_comp_plane_atom.dist_esd</div><div>NMO plan-1  N      0.020</div><div>NMO plan-1  O      0.020</div></div><div class="" style="font-size:16px"><div id=":1dt" class="" tabindex="0"><img class="" src="https://ssl.gstatic.com/ui/v1/icons/mail/images/cleardot.gif"></div></div></div>