<div dir="ltr"><div><div><div><div><div>Dear all<br><br></div>I have a structure at 1.4 A currently with an Rfactor of 21/26 %. I notice from the plot by cycle that everytime the RMS bonds/angles reduce, the Rfactor increases a few percent. Is there any way of telling phenix.refine to not &#39;restrain&#39; the model too much?<br><br></div>I have already used automatic weighting. Also, RINGER identified a few alternate conformations, so I&#39;m thinking that modeling this might account for a better model. However, as I have an NCS of 4, this can be tedious to do by hand, and AFAIK, phenix.refine does not create new conformations. Is there an alternative?<br><br></div>Final question, some residues were flagged as having high B factors but not in all the copies. How do I deal with this?<br><br></div>Some background: I initially had problems with refinement being stuck at 30-35 % in SG P 3 2 1 (as suggested by Pointless and Xtriage). However, the beamline scientist suggested that there could&#39;ve been lattice translocation and that it is actually P 3. Reintegrating seems to have solved the problem. With integrated data up to 1.2 A, I tried cut-off at 1.4, 1.3 and 1.2 A. Together with CC1/2 and refinement results, I chose 1.4 A, but should I cut it a bit lower?<br><br></div>Thanks.<br></div>