<html dir="ltr">
<head>
<meta http-equiv="Content-Type" content="text/html; charset=iso-8859-1">
<style type="text/css" style="">
<!--
p
        {margin-top:0;
        margin-bottom:0}
-->
</style><style type="text/css" id="owaParaStyle"></style>
</head>
<body dir="ltr" fpstyle="1" ocsi="0">
<div style="direction: ltr;font-family: Tahoma;color: #000000;font-size: 10pt;">Hi Fenyun,
<div><br>
</div>
<div>I'm sorry for the trouble with mr_rosetta and your refinement_params file! &nbsp;I am not sure what is wrong, &nbsp;I tried a test using the test data available in phenix. &nbsp;You can get the test data with:</div>
<div><br>
</div>
<div>&nbsp;&nbsp;phenix_regression.wizards.test_command_line_rosetta_quick test_refine_after_mr</div>
<div><br>
</div>
<div>I tried the following command in the directory&nbsp;test_refine_after_mr that is created if you issue the command above:</div>
<div><br>
</div>
<div>&nbsp;&nbsp;phenix.mr_rosetta seq_file=seq.dat search_models=coords1.pdb start=place_model stop=place_model data=fobs.mtz is_sub_process=True already_placed=true place_model.denmod_after_refine=False debug=True max_wait_time=1 refinement_params=twin.eff</div>
<div><br>
</div>
<div>and the refinement did successfully use twin.ff, looking at&nbsp;<font size="2">&nbsp;</font>WORK_2/coords1_ref_001.log<font size="2">:</font></div>
<div><br>
</div>
<div>
<div>============================ Non-default parameters ===========================</div>
<div><br>
</div>
<div>A complete record of all parameters was written to the .eff file above.</div>
<div>Below are only the non-defaults.</div>
<div><br>
</div>
<div>#phil __ON__</div>
<div>refinement {</div>
<div>&nbsp; crystal_symmetry {</div>
<div>&nbsp; &nbsp; unit_cell = 25 25 25 90 100 90</div>
<div>&nbsp; &nbsp; space_group = &quot;P 1 21 1&quot;</div>
<div>&nbsp; ...</div>
</div>
<div><br>
</div>
<div>
<div>&nbsp; twinning {</div>
<div>&nbsp; &nbsp; twin_law = &quot;h,-h-k,-l&quot;</div>
<div>&nbsp; }</div>
<div>}</div>
<div>#phil __OFF__</div>
</div>
<div><br>
</div>
<div>If you would like to send me all the input files and full log file I'll be happy to try and figure out what is happening.</div>
<div><br>
</div>
<div>All the best,</div>
<div>Tom T</div>
<div><br>
</div>
<div><br>
</div>
<div>
<div style="font-family: Times New Roman; color: #000000; font-size: 16px">
<hr tabindex="-1">
<div id="divRpF470562" style="direction: ltr;"><font face="Tahoma" size="2" color="#000000"><b>From:</b> phenixbb-bounces@phenix-online.org [phenixbb-bounces@phenix-online.org] on behalf of Ni, Fengyun [fni@bcm.edu]<br>
<b>Sent:</b> Friday, March 27, 2015 11:02 AM<br>
<b>To:</b> phenixbb@phenix-online.org<br>
<b>Subject:</b> [phenixbb] can mr_rosetta include twin_law?<br>
</font><br>
</div>
<div></div>
<div>
<div id="divtagdefaultwrapper" style="font-size:12pt; color:#000000; background-color:#FFFFFF; font-family:Calibri,Arial,Helvetica,sans-serif">
<p>Hi everyone,<br>
</p>
<p><br>
</p>
<p>When I run phenix.mr_rosetta,&nbsp;I use the following file (twin.eff) to add the twin_law with the keyword:&nbsp;refinement_params=twin.eff. I checked the output that the phenix.refine stage could recognize this file. But the autobuild step can not read this file
 and give the error information as follows,&nbsp;&nbsp;<br>
</p>
<p><br>
</p>
<div>refinement.twinning {</div>
<div>&nbsp; twin_law = &quot;h,-h-k,-l&quot;</div>
<div>}</div>
<div><br>
</div>
<div>Unable to read the parameters file twin.eff.<br>
</div>
<div><br>
Is there anyway to overcome this issue? Thank you very much in advance!<br>
</div>
<div>Fengyun<br>
</div>
<p><br>
</p>
</div>
</div>
</div>
</div>
</div>
</body>
</html>