<div dir="ltr"><div><div><div><div>Dear developers<br><br></div>What is the difference between MEM and FEM maps? I read the documentation and my understanding is both are supposed to create beautiful maps :)<br><br></div>My problem is I have a structure at 1.9 A (a different protein than the one referred to in my previous question), the Rfactor is around 20/22 %, Rms bonds is 0.03 and Rms angles is 1.845. If the bonds/angles get lower, the Rfactor jumps up (same problem as the other structure).<br><br></div>Looking in Coot, there are positive and negative density and missing density for the side chains of residues with high B factor. For some reason, phenix.refine keeps on adding water at strange places even at regions that I suspect to be just noise. For this reason, I want to see if the noise is really noise. A second reason is I have density that seem to be too big for a water molecule but waters were placed anyway, so I want to know if these are real positive density.<br><br></div><div>The dataset was obtained from only 50 degrees, SG is P 61 2 2. Including more images brought up the Rmerge to 30-40% and Rfactor being stuck at 30 %. For some reason, I don&#39;t find the X-ray statistics from the phenix.model_vs_data logfile but in essence, I have:<br><br>28-1.9: 82 %<br></div><div>6 A - infinity: 95 %<br></div><div>in the shells (2.25-2.14, 2.14-2.04, 2.04-1.97, 1.97-1.9) my completeness is around 85-62 % and CCwork is at least 70 % and CC1/2 of the dataset is 60 % at the highest resolution shell.<br><br></div><div>Thanks.<br></div></div>