<div dir="ltr">I don&#39;t get this. Are you doing small molecule crystallography with phenix.refine? <br>Or are you using CdCl2 as a cover for a secret ligand? Because CdCl2 is highly water soluble. There shouldn&#39;t be a three-letter code for it. <div><br></div></div><br><div class="gmail_quote">On Wed, Apr 8, 2015 at 4:39 AM Pavel Afonine &lt;<a href="mailto:pafonine@lbl.gov">pafonine@lbl.gov</a>&gt; wrote:<br><blockquote class="gmail_quote" style="margin:0 0 0 .8ex;border-left:1px #ccc solid;padding-left:1ex">
  
    
  
  <div bgcolor="#FFFFFF" text="#000000">
    In the absence of expert reply, my naive suggestion is: just make a
    3-letter code up using elbow.get_new_ligand_code command-line tool.
    I can see this as three steps:<br>
    <br>
    - run elbow.get_new_ligand_code to get 3-letter code;<br>
    - edit ligand PDB file to replace LIG with the new code;<br>
    - run elbow with the new PDB file.<br>
    <br>
    Note, PDB file is a poor file to specify chemistry, use SMILES
    strings if possible instead.</div><div bgcolor="#FFFFFF" text="#000000"><br>
    <br>
    Pavel</div><div bgcolor="#FFFFFF" text="#000000"><br>
    <br>
    <div>On 4/6/15 10:06 AM, Tarek DawoD wrote:<br>
    </div>
    <blockquote type="cite">
      <div style="color:#000;background-color:#fff;font-family:HelveticaNeue,Helvetica Neue,Helvetica,Arial,Lucida Grande,sans-serif;font-size:16px">
        <div dir="ltr"><br>
          Dear All</div>
        <div dir="ltr"><br>
        </div>
        <div dir="ltr">if i have pdb file for CdCl2, how could i
          generate cif file (to use later in phenix.refine) from that
          using readyset or elbow or any other tool.</div>
        <div dir="ltr">i could not find 3 letter could for CdCl2.</div>
        <div dir="ltr"><br>
        </div>
        <div>COMPND    UNNAMED                                    
                                    </div>
        <div>AUTHOR    GENERATED BY OPEN BABEL 2.3.1              
                                    </div>
        <div>HETATM    1 CD   LIG     1       0.994   8.428
           20.546  1.00  0.00          Cd  </div>
        <div>HETATM    2 CL1  LIG     1      -0.441   6.507
           20.373  1.00  0.00          Cl  </div>
        <div>HETATM    3 CL2  LIG     1       3.190   7.731
           21.231  1.00  0.00          Cl  </div>
        <div>END</div>
        <div><br>
        </div>
        <div dir="ltr">Thank you for Help.</div>
        <div dir="ltr">regards</div>
        <div dir="ltr">TK_DawoD</div>
        <div><br>
        </div>
      </div>
      <br>
      <fieldset></fieldset>
      <br>
      <pre>_______________________________________________
phenixbb mailing list
<a href="mailto:phenixbb@phenix-online.org" target="_blank">phenixbb@phenix-online.org</a>
<a href="http://phenix-online.org/mailman/listinfo/phenixbb" target="_blank">http://phenix-online.org/mailman/listinfo/phenixbb</a>
Unsubscribe: <a href="mailto:phenixbb-leave@phenix-online.org" target="_blank">phenixbb-leave@phenix-online.org</a></pre>
    </blockquote>
    <br>
  </div>

_______________________________________________<br>
phenixbb mailing list<br>
<a href="mailto:phenixbb@phenix-online.org" target="_blank">phenixbb@phenix-online.org</a><br>
<a href="http://phenix-online.org/mailman/listinfo/phenixbb" target="_blank">http://phenix-online.org/mailman/listinfo/phenixbb</a><br>
Unsubscribe: <a href="mailto:phenixbb-leave@phenix-online.org" target="_blank">phenixbb-leave@phenix-online.org</a></blockquote></div>