<div style="line-height:1.7;color:#000000;font-size:14px;font-family:Arial"><div>By the way, will you please let me know from which step we have the b-factors in the PDB files? Do the b-factors change with the progression of phenix refinement?</div><div>&nbsp;</div><div>Smith<br><br><br><br><br></div><div></div><div id="divNeteaseMailCard"></div><div><br></div>At 2015-04-13 21:46:20, "Alejandro Virrueta" &lt;alejandro.virrueta@yale.edu&gt; wrote:<br> <blockquote id="isReplyContent" style="margin: 0px 0px 0px 0.8ex; padding-left: 1ex; border-left-color: rgb(204, 204, 204); border-left-width: 1px; border-left-style: solid;"><div dir="ltr"><span style="font-size: 12.8px;">Hello,</span><div style="font-size: 12.8px;"><br></div><div style="font-size: 12.8px;">I was wondering if someone could show me a way to set the occupancy of a specific set of atoms to 0 using phenix.pdbtools.</div><div style="font-size: 12.8px;"><br></div><div style="font-size: 12.8px;">I noticed&nbsp;<a href="http://www.phenix-online.org/download/documentation/cci_apps/pdbtools.html#anch2">here</a>&nbsp;that there is no option under modify =&gt;&nbsp;occupancies to do an 'atom_selection'.&nbsp;<span style="font-size: 12.8px;">Any help would be appreciated.</span></div><div style="font-size: 12.8px;"><br></div><div style="font-size: 12.8px;">Cheers,</div><div style="font-size: 12.8px;">Alex</div></div>
</blockquote></div><br><br><span title="neteasefooter"><span id="netease_mail_footer"></span></span>