<html>
  <head>
    <meta content="text/html; charset=windows-1252"
      http-equiv="Content-Type">
  </head>
  <body bgcolor="#FFFFFF" text="#000000">
    Smith,<br>
    <br>
    would you mind changing a subject line when changing the topic of
    conversation? Your question below has a little to do with "pdbtools:
    how to set the occupancy for an atom selection?".<br>
    <br>
    <blockquote
      cite="mid:621337f7.e02f.14cb314c7c9.Coremail.smith_liu123@163.com"
      type="cite">
      <div
        style="line-height:1.7;color:#000000;font-size:14px;font-family:Arial">
        <div>By the way, will you please let me know from which step we
          have the b-factors in the PDB files? Do the b-factors change
          with the progression of phenix refinement?<br>
        </div>
      </div>
    </blockquote>
    <br>
    They may be set to a value or stem from a refinement run.<br>
    <br>
    Here is another attempt at convincing you to some reading about
    basics:<br>
    <br>
    <a class="moz-txt-link-freetext" href="http://journals.iucr.org/d/issues/2012/04/00/ba5180/ba5180.pdf">http://journals.iucr.org/d/issues/2012/04/00/ba5180/ba5180.pdf</a><br>
    <br>
    Pavel<br>
  </body>
</html>