<div dir="ltr">Hello,<div><br></div><div>I&#39;m working on a small project, and need some feedback.</div><div>I am trying to rebuild methionine side-chains by looking at the difference peaks for a given Fo-Fc map.</div><div>I envision a process as follows:</div><div><br></div><div>1. Delete the MET side-chain of a PDB file</div><div>2. Refine structure to get Fo-Fc map</div><div>3. Get a list of the peak positions relative to the coordinates of the PDB file I used</div><div>4. Filter list by keeping peaks near the MET C alpha/beta PDB coordinate.</div><div>5. Try to rebuild side-chain after anchoring the sulfur atom (assuming sulfur is located at the highest peak and within some distance to C beta)</div><div><br></div><div>What functions should I use to achieve step 3?</div><div>I am also trying to implement this process within the ringer program (phenix/cctbx_project/mmtbx/command_line/ringer.py). If anyone is familiar with this, what commands would work best within this ringer program? i.e. what functions can operate on difference_map (which is sampled by a point using tricubic_interpolation under &#39;def sample_angle&#39;)?</div><div><br></div><div>I hope this makes some sense to someone.</div><div><br></div><div>Thanks!</div><div>Alex</div></div>